【摘 要】
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理论上,处于造血系统迁入/迁出转换时期的4～6月孕龄人胎肝可能存在大量与细胞植入、定居、转移相关的基因。本室采用cDNA大规模测序策略对该时期人胎肝cDNA文库进行大规模测序,获得了16,000余条EST序列和511条插入片段全长cDNA序列。为了对这些数据进行有效分析以发现重要新基因,我们建立了“基于本地化和WEB的生物信息学分析体系”,对这些数据进行了分析,并对2条新基因进行了实验研究。初步得
【基金项目】
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国家自然科学基金;国家重点基础研究发展计划（973计划）；
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理论上,处于造血系统迁入/迁出转换时期的4～6月孕龄人胎肝可能存在大量与细胞植入、定居、转移相关的基因。本室采用cDNA大规模测序策略对该时期人胎肝cDNA文库进行大规模测序,获得了16,000余条EST序列和511条插入片段全长cDNA序列。为了对这些数据进行有效分析以发现重要新基因,我们建立了“基于本地化和WEB的生物信息学分析体系”,对这些数据进行了分析,并对2条新基因进行了实验研究。初步得到以下结果: 1、建立了一整套基于生物信息学的EST分析体系:基于高性能PC机和Linux操作系统,利用Phred/Phrap/Consed软件和Blast软件,构建了核酸序列大规模自动分析系统。该系统可自动完成从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列去除、序列自动拼接、重复序列鉴定以及序列的相似性分析,可加速对大规模测序数据的分析和利用。同时,在对已有网络资源进行综合分析的基础上,按照核酸序列和蛋白质序列分析的常规路线对已有网络资源进行了有机集成,并配合自行设计的程序构建了基于WEB的生物信息学分析体系; 2、发现了ADP核糖基化因子GTP酶活化蛋白家族（ADP-ribosylation factor GTPase activating protein,ARF GAP）中第一个人类成员ARFGAPI:该基因的全长cDNA序列为2768bp,编码516个氨基酸,其中含有ARFGAP家族的特征结构,即在该因子氨基端第6～126位含有典型的ARFGAP结构域,该结构域可能对其所具有的ARFGAP催化活性起决定作用,催化的核心部位是一个保守的锌指结构(CX2CX16CX2C)。ARFGAPI的羧基端含有一个重复序列“SISSX3FG”,该特点同时存在于ARFGAP家族其它成员中,此特征序列可能和各ARFGAP向特定细胞内膜结构的定向作用有关。该基因定位于人染色体
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