动物是由宿主和微生物构成的超级生物。近年来的研究表明,宿主和肠道微生物间存在着共生、共代谢和共进化关系,其中肠道微生物受宿主遗传和外界环境因素共同影响。在胎生动物中,母亲通过胎盘、子宫和阴道等将部分肠道微生物传递给婴儿。然而,对于卵生动物而言,胚胎发育和子代出生是在离体情况下进行的,母体是否影响后代肠道微生物还不十分清楚。本研究以鸡为实验对象,采用新一代高通量宏基因组学测序技术对鸡胚、雏鸡和母鸡三个生长发育时期的肠道微生物区系进行了检测分析。研究结果显示,(1)鸡胚中存在丰富的微生物菌群,包含了28个门和162个属。微生物区系丰度分析显示,门水平优势菌群主要是变形菌门(86%),属水平优势菌是盐单胞菌(79%)。(2)三个不同发育阶段肠道微生物区系比较分析发现,,鸡胚162个属中,42%与母鸡相同,62%与雏鸡相同;在雏鸡中有69%与母鸡相同。综合分析显示,65个菌属作为“核心菌属”始终贯穿存在于生长发育三个时期,暗示这些菌属同鸡的整个生命过程有重要关联或发挥重要作用。(3)对肠道微生物区系进行功能预测,结果显示,在鸡胚中比较活跃的代谢通路是氨基酸代谢、外源性物质降解与代谢、脂类代谢、信号转导、细胞运动和细胞交流等和生长发育相关的功能;在雏鸡中比较活跃的是疾病感染、能量代谢和消化系统等;在母鸡中比较活跃的是碳水化合物代谢、环境适应性和遗传信息处理等。研究推测,这些结果可能同鸡不同生长发育时期的生理和生化特点相关联。(4)对饲养在相同环境下的三个不同品种鸡(北京油鸡、石岐杂鸡、仙居鸡)的肠道微生物区系比较分析发现,尽管在相同菌属上的丰度存在一定差异,但三个品种之间有94%的肠道菌群种类是相同的。结果暗示,尽管遗传因素也发挥着一定的作用,但在相同的饲养条件下,鸡肠道菌群的组成受环境因素的影响更大。