抗原表位的鉴定、疫苗结构的设计以及下游制备工艺的研究是重组表位疫苗(Recombinant epitope vaccine)研制和开发过程中的关键。本文围绕以上三个问题,针对处于不同研发阶段的几个重组表位疫苗进行了以下研究:1、使用分子生物学软件对SARS冠状病毒刺突蛋白S2亚基上的B细胞表位进行了多参数预测,根据预测结果在大肠杆菌内构建表达了伴侣10与预测表位肽的融合蛋白,并通过实验证实预测的肽段与真核表达的全长S2蛋白有部分共同的抗原性;2、选择我们实验室构建的三个由相同B细胞表位及T细胞表位组成但一级结构串联模式不同的口蹄疫表位疫苗VP1epi,对它们免疫豚鼠产生中和抗体的滴度进行了测定,将理论计算法预测的VP1epi的三级结构与天然VP1蛋白的晶体结构进行了对比,从空间结构上阐明了三种表位疫苗在产生中抗体滴度上具有巨大差异的原因;3、建立了CTL表位疫苗HSP-Her2和HSP-MUC1的下游纯化工艺,对大肠杆菌表达HSP65融合蛋白的稳定性进行了研究,找到了纯化过程中控制HSP65融合蛋白降解的关键因素,将抗肿瘤新药HSP-MUC1的纯化工艺放大至中试规模并按照国家生物制品质量控制标准对纯化后的HSP-MUC1原液进行了检测。本研究的意义在于,通过对SARS病毒S2蛋白B细胞表位的研究,为进一步确定SARS病毒中和性B细胞表位及研制抗SARS病毒疫苗打下了基础;通过对串联模式不同的VP1epi蛋白的结构功能研究,为其他类似表位疫苗的结构设计提供了思路;解决了HSP65融合蛋白制备过程中的技术难题,为进一步临床研究及商业化应用铺平了道路。