随着我国经济发展水平的提高,城镇化进程不断加快,城市范围不断扩大,传统村落逐渐被城市包围,形成“城中村”。“城中村”区别于传统村落,在政治、经济、文化、社会环境上呈现出新特点,传统的村民自治转变为城市居民的社区治理,致使传统的村民自治陷入四大困境,即,自治主体不完整,法律意识淡薄,存在文化冲突和利益冲突;自治组织不健全,能力差,行政化,腐败化;自治法律法规内容陈旧且粗泛,在实际运用中难以针对性的解决问题;自治制度中“四个民主”难以落实,效度不高。研究城中村村民自治的困境并找到突破困境的对策,是促进城中村村民自治发展的需要,也是构建和谐城中村,降解城中村矛盾冲突的现实要求。武汉市“城中村”的数量在全国位居前列,其城中村村民自治困境是全国城中村村民自治困境的缩影。本文以武汉市“城中村”为研究对象,从武汉市“城中村”现状出发,采取文献分析法,比较研究法,实证分析法,分析武汉市“城中村”村民自治存在的困境以及产生其困境的原因,并提出相应的对策。研究表明,导致城中村自治困境的原因主要来自村民自治主体、村民自治组织、村民自治法规三方面,具体表现为:村民流入和流出,村民人户分离,村民文化水平普遍不高,村民对村民自治关注度不高;村民自治组织成员素质不高,能力不足,受政府干预影响偏行政化;村民自治法规内容陈旧缺乏针对性和操作性;社会外部力量干预村民自治运行效度。为此,有必要从塑造完整的自治主体,提高政治参与能力;健全村民自治组织,不断改善“村两委”形象;完善自治法规体系,依法治理村内事务;抓住关键环节,提高自治制度运行的效率等方面采取措施,实现城中村自治的科学化和常态化。这些建议适用于武汉市城中村发展的现实,也对我国其他城市的城中村自治制度的发展具有参考价值。