碱性/螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子家族是一个在动植物中广泛存在的基因家族。这个家族成员众多并且在动植物的生长发育过程中也起到十分重要的调控作用。但目前,这个家族成员的功能在植物中的研究还比较少。近年来,植物模式生物拟南芥和水稻的全基因组测序工作,为从基因组水平研究和比较开花植物的bHLH基因家族提供了坚实的基础。通过数据库搜索和分析,在水稻基因组中找到了165个可能的bHLH基因家族成员。系统发生分析表明,这些bHLH基因可以依据支持度划分成多个亚家族。同时,bHLH转录因子结合DNA活性预测、bHLH结构域外的保守基序(motif)分析、内含子/外显子保守结构分析等多项信息学分析的结果初步揭示了这个家族的成员在进化和功能上的相关性。bHLH家族成员在水稻和拟南芥基因组上的分布和复制(duplication)分析也为染色体区域复制的理论提供了有力证据。此外,对拟南芥和水稻中bHLH成员所做的系统发生分析表明,单、双子叶植物bHLH基因含有66个以上的共同的祖先。这一分析也支持了基因家族进化的“发生和消亡”理论。生物信息学分析也归纳了bHLH蛋白与其他蛋白相互作用来调控各种基因转录的可能规律。对拟南芥和水稻bHLH家族基因序列和表达活性分析表明,序列相似的bHLH基因在水稻和拟南芥中可能有相似的功能。