目前,学术界对于生态环境评价的研究重点主要放在诸如草原、森林、城市等典型的生态系统,对于结构与功能日益退化的村镇生态经济系统却少有研究。本文基于村镇生态经济系统健康的含义与可持续发展理论,采用半结构化调查问卷法、实证分析、结构分析和系统评价的方法,基于系统生态学、生态经济学、农业经济学等理论指导,实地考察江苏省南京市浦口区生态经济系统的近况,通过当地环保局和统计部门调研获得相关数据,采取层次分析法求出指标体系的权重,运用综合评价法构建生态经济系统的评价模型进行综合评价,从而评价出当地生态经济系统所处的健康状况,从而发现其生态经济系统中的不合理之处,进而为政府修复传统村落的生态经济结构提供决策依据,推动当地村镇经济加速转型和快速发展。首先,论述生态经济的基本概念、相关理论及其评价方法,定义村镇生态经济系统健康的概念,并根据生态经济系统健康评价指标体系建立的原则建立了一个递阶层次结构的村镇生态经济系统健康评价指体系。其次,在理论研究的基础上,以江苏省南京市浦口区为例进行生态经济系统健康评价,评价指标体系包括自然环境系统和社会经济系统,包含9个子系统层,一共41个定性或定量的指标,建立了村镇生态经济系统健康评价指标的分级与打分,并采用层次分析法确定各个指标的权重,根据年鉴及相关部门统计数据以及打分标准体系,得到桥林镇生态经济系统的综合得分。然后,通过实例研究,根据桥林镇生态经济系统的综合得分情况,从而发现其生态经济系统中的不合理之处,进而为政府修复当地的生态经济系统提供决策依据,推动当地村镇经济加速转型和快速发展。最后介绍了生态经济系统结构修复的途径。分别是基于现实能力的渐进式生态修复、基于政府主导的强势自然生态修复、基于复合生态理论的共轭生态修复。并且对三种修复途径的利弊进行了对比分析发现,基于复合生态理论的共轭生态修复能产生最大的生态效益和经济效益,最适合当地的生态修复。并且基于此修复途径的要求,对政府提出了四点建议,从而使南京市桥林镇生态经济系统结构更加合理。