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三代虫隶属于单殖吸虫纲(Monogenoidea)、三代虫目(Gyrodactylidea)、三代虫科(Gyrodactylidae)、三代虫属(Gyrodactylus),是一种鱼类体表寄生虫,对宿主可造成较大的危害。本文采取常规的鱼类调查、统计学方法及分子生物学方法,对额尔齐斯河水域中鱼类三代虫进行调查研究,阐明了该流域中三代虫的种类以及感染情况,同时结合形态学和分子生物学方法对其种类进行鉴定,并进行了系统发育研究。结果如下:(1)通过光镜和扫描电镜观察三代虫的形态特征,对其几丁质结构进行测量及比较,共鉴定三代虫14种,其中白斑狗鱼三代虫(G.lucii)、丁鱥三代虫(G.tinca)、马氏三代虫(G.markakulensis)、梭鲈三代虫(G.luciopercae)为中国新纪录种,本文对新纪录与相似种进行比较,并进行了绘图和描述。(2)通过对三代虫感染率、感染强度、感染丰度等进行分析,结果表明三代虫感染率最高的为鲤23.94%,最低的为河鲈0.74%,除东方欧鳊、散鳞镜鲤和鲤外,其余的感染率均不超过10%;银鲫、散鳞镜鲤和鲤为易感宿主,方均比(S2/X)都大于1,呈聚集分布;其余的小于1,呈均匀分布。(3)通过对三代虫寄生宿主种类统计,分析结果表明大多数三代虫感染一种宿主,少数种类三代虫感染可2~4种宿主情况,也有同一宿主感染2~3种三代虫的现象。(4)结合形态学方法和分子生物学方法(ITS1-5.8S-ITS2 rDNA标记),对银鲫、东方欧鳊、粘鲈、金鳟体表感染的三代虫进行鉴定,结果显示三代虫种类分别为:细锚三代虫(G.Sprostonae)、秀丽三代虫(G.elegans)、细鳞鲑三代虫(G.brachymystacis)、普氏三代虫(G.prostate)。将所得ITS序列与GenBank比对相似率在99%以上,上传获得基因登录号分别为:KP295469、KP325623、KP295468、KP325622;对这四种三代虫的系统发育进行研究,细鳞鲑三代虫和细锚三代虫位于Limnonephrotus亚属的一枝,秀丽三代虫和普氏三代虫位于Gyrodactylus亚属的一枝,两亚属亲缘关系较远。该研究结果为新疆的水产业发展和我国三代虫的研究提供了基础的资料。