高等教育公共治理的意蕴是政府通过机制设计和制度安排保障政府、市场和公民社会共同参与教育公共事务管理,并承担相应责任。在充分调动利益相关者积极性的基础上,实现公共利益最大化的过程。在独立学院的办学模式中,“政校企”三方办学模式是结合了母体高校、当地政府和私人资本的多方组合,具有独特的发展优势。独立学院办学模式的特殊性,展现了政府组织与非政府组织,公共部门与第三部门相互合作特征,是高等教育领域公私合作的雏形。参与合作办学的多方,共享管理权利,并通过契约形式共同承担责任和义务,以实现共同的利益目标。本文选取G学院为研究对象,从治理角度着手,对三方办学的独立学院共同治理效率低下的现状进行研究。首先是进行理论概述,对于独立学院的非营利性进行相关研究并总结,其次剖析G学院办学模式在治理过程中存在的弊端,从而结合治理的相关理论,从体制、制度、机制三个层面进行其共同治理的现状介绍,并对其共同治理效率低下的原因进行探讨和分析,从政府、社会力量、母体高校、独立学院四个维度提出三方办学模式的独立学院公共协同治理机制,尝试建立政府与公共社会之间相互关联的治理框架,使独立学院由准非营利组织向非营利组织的方向转变。独立学院的发展从一定程度上,丰富了高等教育,尤其是民办教育的公共治理背景。通过对其办学过程中协同治理框架的优化,有利于提升独立学院的社会竞争力,更好的为社会公共提供高质量的教育,服务于当地高等教育,尤其是民办高等教育的蓬勃发展。