创新作为国家发展的强大动力,被越来越多国家重视,国家不断推行相关政策,帮助企业提高自主创新能力。近年来我国研发投入总额不断提高,但研发投入强度仅位列经合组织(OECD)35个成员国中第13位,与发达国家相比仍有一定差距。2006年我国证监会颁布上市公司股权激励管理办法后,更多上市公司开始实施股权激励方案,希望激励机制能够促进企业持续发展。股权激励的实施能够提高企业的研发投入,进而提升企业绩效。本文在对已有文献进行论述,梳理相关概念和理论,形成理论基础后,对我国医药行业股权激励和研发投入的总体情况进行了分析。理论分析部分在管理层持股、技术人员持股的基础上,从研发、生产和销售三个阶段构建了研发投入对企业绩效的影响路径图,剖析了研发投入影响企业绩效的具体路径。并以恒瑞医药为例,分析了该公司的股权激励和研发投入,用案例具体情况印证研发投入对企业绩效的影响路径,通过案例与同行业公司的对比,说明了研发投入对企业绩效的提升作用。通过研究恒瑞医药股权激励和研发投入以及对企业绩效的影响,文章得出结论,股权激励可促进企业的研发投入,研发投入从三个阶段七条路径促进企业绩效的提高,同时研发投入在股权激励与企业绩效之间存在中介效应。并从研发投入角度和股权激励角度对医药行业上市公司提出了相关建议。