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本文在以下三个方面进行了研究和探讨： 1）在实际连锁分析检测QTL时，试验群体中选择作用是普遍存在的，这会给QTL分析带来偏倚。如何在试验群体中确定选择对性状QTL连锁分析的影响就具有一定的实际意义。本文在半同胞设计和侧翼标记情况下，探讨了不同选择强度下检测QTL统计功效的变化，给出了各项方差组分及其变化规律。提出了相对数的概念来说明在不同选择强度下QTL检测的统计功效变化。有了QTL检测功效的规律性变化，就可以在实际中试验之前根据群体中存在的选择程度来大致确定所需合适的试验样本含量，以使QTL检测不因群体中存在一定程度的选择而降低其统计功效。由于选择的存在会使得QTL连锁分析和效应估计出现偏差，那么利用有选择资料的标记-QTL连锁分析及效应估计就应该考虑到这种偏差并设法避免这种偏差的负面影响，否则就会降低分析结果的可靠性。这种偏差根本上是由QTL基因型与多基因之间负的连锁不平衡以及QTL与标记之间的连锁不平衡所造成的。 2）目前QTL定位实践已找到了一些具有育种意义的主效位点。如何在实际育种中将这些主效基因位点信息包括进去呢？与常规选择方法相比，利用主效基因位点信息的选择是否具有优势？本文利用单个已识别主效基因位点加微效多基因的混合遗传模型，针对二性状选择探讨了基因型选择（Direct Selection of QTL，DSQ）的相对选择效率（Relative Selection Efficiency，RSE），同时考察了多种因素对RSE的影响，以期在实际应用中最大限度地发挥已识别主效QTL位点作用。主要考虑了以下几个决定因素：主效基因位点的加性遗传方差比例、遗传力、性状间相关、主效位点基因频率、主效位点基因型效应、显性效应和主效基因位点的替代效应。这些因素在二性状育种目标情况下对RSE的影响程度各不相同，其变化模式也有所不同。从给出的结果来看，主效基因位点的加性遗传方差比例、遗传力、替代效应和主效位点基因型值对RSE的影响相对较大。研究结果表明，只要有关主效基因位点信息合理地纳入到选择方案中，能够获得较大的益处。从RSE来看，DSQ可以带来额外程度不同的选择进展。 3）分子遗传学的飞速发展为主要畜禽提供了基因型直接选择的可能性。然而，育种者所关心的一个实际问题是畜禽经济性状基因型分析能否从这种新技术的应用中获得应有的效益。尤其是在多个世代选择过程中，这种优势能否得以长久保持下去。本文采用已识别有限位点遗传模型前提下，通过Monte Carlo模拟研究了单个性状在不 ＋A44一同遗传力水平上的多世代连续选择的相对效率．结果表明，DSQ在早期若干个世代优于表型选择（Trait－Based Selection，TBS），其后则是表型选择占优。尽管选择进展随着选择世代的增加有所增长，但增幅放缓许多．相对比而言，DSQ取得的遗传进展在第10个世代以后似乎不再有继续增长的趋势，而mS却仍呈现出一定的增长趋势。随着选择世代进一步的增加，表型选择也将逐步达到ig定。n RSE来看，DSO的贴E呈直线下降趋势且会逐渐小子1，DSQ将失去其相对于TBS的优势．在本模拟研究中第9个世代出现相对选择效率小于1．在基因型选择具有优势的世代范围之内，所获得的额外遗传进展至少可达 10％．由子选择是直接针对全部假定已识别的叮 位点，未考虑与标记间的重组，本模拟结果应视为使用 MAS可能取得的遗传进展上限。