非小细胞肺癌患者表皮生长因子受体(EGFR)基因突变检测方法的建立和临床应用

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肺癌的发病率和死亡率居于恶性肿瘤的首位,其中约80%是非小细胞肺癌(Non-Small Cell Lung Cancer,NSCLC)。分子靶向治疗被认为是治疗晚期NSCLC的主要方法,而表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor, EGFR)则是目前最主要的靶点,但临床上使用的EGFR靶向药物并非对所有患者都有效, EGFR敏感突变则是药物有效的前提。2011版的NCCN非小细胞肺癌指南中明确指出,晚期 NSCLC患者应先检测 EGFR基因的突变状况,若有EGFR基因敏感突变,优先推荐EGFR-TKI治疗。外周血循环DNA因具备肿瘤细胞DNA的一些特征,并且取材方便、创伤小和能实时检测而成为临床研究的热点。本论文主要分以下两部分内容。  第一部分,人 EGFR基因突变检测方法的建立。  目的:建立一种能够快速、敏感、特异、简便检测人EGFR基因突变的方法。  方法:首先,利用分子克隆技术及Fast Mutagenesis System原理,联合质粒连接、转化构建人EGFR基因的4种野生型和29种突变型质粒,并将构建质粒的测序结果与NCBI数据库的序列进行比对。  其次,采用Primer Express3.0软件设计人EGFR基因29种突变质粒的ARMS特异性引物及检测目的序列的Taqman水解探针,并经过反复实验筛选、确定,进而确定、优化反应体系及确定判定标准并验证其检测灵敏度、特异性、检测限。  最后,用所建方法检测100例临床石蜡组织样本的EGFR基因并根据划定的判读标准判读结果,然后与焦磷酸测序结果进行比对,验证该方法的可行性。  结果:①构建完成的人EGFR基因的4种野生型和29种突变型质粒的序列与NCBI数据库序列完全一致,即完成质粒构建。  ②最终筛选并确定的ARMS引物和Taqman探针能够进行特异性扩增,即PCR产物的电泳结果显示全部为目的大小的条带。已建方法的检测灵敏度、特异性和检测限达到检测要求,最后划定的Cutoff△Ct值见表10。  ③所建方法及确定的判读标准检测100例临床石蜡组织样本得到的结果和焦磷酸测序结果完全一致,该法可行。  结论:本研究建立的PCR-荧光探针法是一种灵敏、特异、简便的人 EGFR基因突变检测方法,有实用参考价值。  第二部分,探究所建方法检测外周血 EGFR基因突变临床应用的可行性。  目的:通过对晚期NSCLC患者的配对组织和血浆中的循环DNA进行EGFR基因突变检测,探究所建方法检测血浆DNA EGFR基因突变临床应用的可行性。  方法:从50例晚期 NSCLC患者的肿瘤组织和血浆中提取DNA,使用已建的PCR-荧光探针法对其进行EGFR突变检测,评估两样本中基因突变的一致性。  结果:50例肺癌临床样本,在外周血样本中:检出S768I1例,T790M1例, L858R4例, Ins1例,Del5例,共计突变12例,总突变率为24%;在石蜡组织样本中:检出S768I2例, T790M1例,L858R6例, Del5例,共计突变14例,总突变率为28%;其中有3例组织样本能检测到突变而配对外周血样本不能,有1例外周血样本能检测到突变而配对组织样本不能;两样本EGFR基因突变的一致性为92%。  结论:血浆循环DNA与相对应的肿瘤组织DNA的EGFR基因突变类型一致性较高,部分NSCLC患者的肿瘤组织难以获得,这种简便且微创地检测血浆循环DNA的方法很有可能取代组织而应用于肺癌EGFR基因突变的诊断,从而指导临床治疗。  本论文突出之处:本论文将ARMS技术和Taqman技术结合,建立了实验室快速检测人EGFR基因的突变检测方法,而且探究了该法对外周血DNA检测的适用性,为以后临床应用打下了基础。
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