非小细胞肺癌驱动基因的筛查及其与临床资料的相关性研究

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目的:通过检测常见的45个肿瘤基因在NSCLC中的突变状况,筛查与NSCLC相关的驱动基因,分析其常见的突变位点及突变类型,并探讨其与NSCLC的临床一般资料、病理特点、疗效及预后的相关性,为NSCLC患者的个体化治疗提供一定的理论依据。方法:1.收集大连医科大学附属第一医院2012年3月至2013年12月、经组织病理学证实的NSCLC患者共96例,收集并记录所有患者的临床信息,包括1)一般资料,如性别、年龄、吸烟史等;2)病理特点,如标本来源、病理类型及分化程度;3)肺癌TNM分期(根据2009年第七版IASLC新分期);4)治疗情况,如治疗方案、疗效和生存期随访等。2.采用Ion Torrent新型基因测序技术,检测与肿瘤相关的常见45个基因状态,筛选出样本中突变频率大于10%的相关基因,分析每个基因具体的突变信息。针对筛选出的驱动基因,进行精确度更高的Sanger测序验证。3.采用SPSS13.0统计软件,探讨驱动基因与临床资料的相关性,应用χ2检验、Fisher确切概率法及秩和检验,进行各组间率的分析;应用Kaplan-Meier法分析生存时间,并绘制生存曲线,不同组间的生存曲线采用log-rank检验;采用Cox多因素回归模型,分析多个可能影响预后的因素;应用Spearman相关分析,探究基因之间的相关性,所得统计结果,以P<0.05判定有统计学意义。结果:1.应用新一代高通量的Ion Torrent法共检测到13个突变基因,突变所占样本比例分别为:EGFR34.4%、KDR24.0%、KRAS10.4%、TP534.2%、MET4.2%、PDGFRA3.1%、BRAF3.1%、HER22.1%、PIK3CA2.1%、KIT2.1%、PTEN1.0%、ALK1.0%、RET1.0%,其中对EGFR、KDR、KRAS突变结果进行Sanger测序验证,验证率为100%,表明Ion Torrent测序的准确性。2.在96例样本中,对突变频率大于10%(例数>10)的基因进行筛选并分析:2.1EGFR基因突变占34.4%(33/96),其中19外显子突变率60.0%(20/33),突变类型为缺失突变;20外显子突变者率6.1%(2/33)、21外显子突变率45.5%(12/33),二者突变类型为错义突变。2.2KDR基因突变占24.0%(23/96),其中6外显子突变率为30.4%(7/23),突变类型为翻译终止突变;7外显子突变率占60.9%(14/23)、11外显子突变率17.4%(4/23),二者突变均为错义突变。2.3KRAS基因突变占10.4%(10/96),10例突变全部发生在2外显子,突变类型为错义点突变。3.驱动基因与一般临床资料及病理特征的相关性:3.1EGFR在女性中突变率高于男性(P=0.007),腺癌高于鳞癌(P=0.038),不吸烟者高于吸烟者(P=0.02),中-高分化者高于低分化者(P=0.045),差异有统计学意义;与年龄、临床分期、淋巴结转移、标本来源等指标无相关性(P>0.05)。3.2中晚期患者KDR突变率高于早期患者(P=0.023),淋巴结转移者高于未转移者(P=0.015),差异有统计学意义;KDR突变与性别、年龄、病理类型、吸烟史、分化程度、标本来源等指标无相关性(P>0.05)。3.3KRAS在吸烟者中突变率高于不吸烟者(P=0.048),差异有统计学意义;与性别、年龄、病理类型、分化程度、标本来源等无相关性(P>0.05)。4.驱动基因与化疗疗效的相关性:4.1EGFR基因突变组与野生组ORR(26.3%vs.10.2%)和DCR(94.7%vs.64.1%)差异无统计学意义(P>0.05),提示EGFR突变与化疗疗效无相关性。4.2KDR突变组与野生组ORR(18.8%vs.14.3%)和DCR(68.8%vs.76.2%)差异无统计学意义(P>0.05),提示KDR突变与化疗疗效无相关性。4.3KRAS突变组与野生组ORR(33.3%vs.13.5%)和DCR(83.3%vs.78.8%)差异无统计学意义(P>0.05),提示KRAS突变与化疗疗效无相关性。5.驱动基因与EGFR-TKI疗效的相关性:5.1EGFR突变组与野生组中位PFS(6.8个月vs.5.3个月)差异有统计学意义(P=0.033),提示EGFR突变型TKI疗效优于野生型。5.2KDR突变组与野生组中位PFS(4.5个月vs.4.2个月)差异无统计学意义(P>0.05),提示KDR突变与TKI疗效无相关性。5.3KRAS突变组与野生组中位PFS(5.3个月vs.5.5个月)差异无统计学意义(P>0.05),提示KRAS突变与TKI疗效无相关性。6. EGFR、KDR、KRAS突变组与野生组在生存期中的差异均无统计学意义(P>0.05)。7.多因素Cox回归分析显示:性别、淋巴结转移和临床分期是影响NSCLC预后的独立影响因素。8. EGFR、KDR、KRAS三个基因突变之间均无相关性(P>0.05)。结论:1. EGFR仍是国内NSCLC最常见的驱动基因,其突变位点90%以上位于19、21外显子,KDR基因突变位点集中于6、7和11外显子,KRAS突变常发生于2号外显子。2.女性、腺癌、不吸烟、中-高分化患者是EGFR基因高突变人群;KDR突变在淋巴结转移的晚期患者中突变率高;KRAS突变在吸烟人群中多见。3. EGFR基因突变可作为TKIs治疗的敏感预测因子,但不能作为以铂类药物为基础的化疗疗效预测因子;KDR、KRAS均不能作为EGFR-TKI和铂类药物的疗效预测因子。4. EGFR、KDR、KRAS基因突变均不能作为NSCLC独立的生存预测因子。
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