本文以科学发展观为指导,结合定性和定量分析方法,运用发展经济学、资源与环境经济学、产业结构优化理论和主体功能区理论等相关知识,试图探究在水资源承载力基础下的区域农业产业可持续发展路径。文章以云南省洱海流域为研究区域,依据国家水专项洱海课题中已有的湖泊污染源调查结果,运用细分产业结构与污染物减排作用机理,建立了镇级行政区的减排份额(即农业污染削减的约束条件)与农业细分产业发展(即农业产业经济整体增长)的动态耦合模型,在得到农业细分产业减排份额的镇级行政区划分摊结果的同时,给出了洱海流域农业产业结构的优化设计方案。运用上述结论,结合流域经济发展区划和基础建设的实际情况,本文制定了流域农业主体功能区规划,即将流域国土空间规划分成优化发展、重点发展、限制发展和禁止发展这四类区域,为区域水污染的控制和实现农业经济的可持续发展提供了实践根据。最后,文章从建立激励机制和社会引导支撑体系两个方面,提出了实施农业发展规划的相关政策建议；并根据研究结果,提出了相关的研究展望。