诸多因素使得我国计算机软件著作权保护的立法从形式到内容都备受争议。我国《著作权法》距其诞生已满20周年,在此背景下,研究探讨如何在著作权法的体系内更好地保护计算机软件,既具有理论意义,也具有实践意义。本文在介绍和讨论计算机软件保护模式的选择以及立法进程的基础上,通过对其他国家和地区计算机软件著作权保护立法的分析和比较,对我国计算机软件著作权保护的完善提出构想和建议,以期促进相关法律制度的建设,进而有助于高新技术产业的发展。通过研究,提出我国应立足国情,从利益平衡角度出发,将计算机软件著作权保护的水平定位于“第二台阶”。应取消《计算机软件保护条例》,将其内容内化至《著作权法》,在《著作权法》的框架内解决软件的著作权保护问题。还应针对软件的特殊性,对《著作权法》做必要修改和调整,主要包括扩大软件合理使用的范围、合理界定最终用户使用未经授权软件的法律责任、明确对反向工程的立法态度等。