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新型鸭呼肠孤病毒病是由新型鸭呼肠孤病毒（Novel duck reovirus,NDRV）引起的一种禽类传染病。该病最早于2005年在我国福建、浙江等沿海地区发现,近年来,其流行区域不断扩大,已成为我国鸭类养殖行业的主要病毒性疾病之一,给我国鸭类养殖行业造成了巨大的经济损失。为了解川渝部分地区NDRV病的流行毒株分子生物学特征,掌握该病在此地区的流行现状及流行趋势,本研究采集疑似NDRV感染的病死雏鸭肝脏、脾脏等病料,通过RT-PCR检测为阳性后,经尿囊腔接种鸭胚并连续传代培养,分离出一株NDRV;使用高通量测序技术获取分离毒株的全基因序列,并进行遗传进化分析;将分离株尿囊液浓缩,制备琼脂扩散试验（AGP）抗原,建立一种AGP检测NDRV抗体的方法;使用该方法及间接ELISA对川渝部分地区的NDRV病进行血清流行病学调查;再使用RT-PCR方法进行疑似病料病原流行病学调查。本研究对川渝部分地区NDRV病的病原学、诊断方法及流行病学进行相关探索,为该地区NDRV病的防控及诊断提供参考,主要研究内容及结果如下:1.NDRV的分离培养:采集川渝部分地区疑似NDRV感染的病死雏鸭肝脏与脾脏,经RT-PCR检测后,选择阳性病料进行无菌处理,并接种于10日龄鸭胚尿囊腔连续传代培养,进行病毒分离。传至第八代后,感染鸭胚可见规律性死亡,胚体可见生长迟缓、水肿、出血等病变。对传代后的尿囊液进行RT-PCR检测,证实成功分离到一株病毒,命名为NDRV-CY株。使用RT-PCR或PCR方法对分离毒株进行纯净性检测,判定其不含DHV、AIV、MDRV、TMUV、ARV、Duck parvovirus、DuCV、FAdV等常见鸭病病原。将分离株病毒液接种10日龄鸭胚尿囊腔,测得鸭胚半数致死量为1*10-2.5/0.2ml。以不同浓度的病毒液肌肉注射接种1日龄雏鸭,测得雏鸭半数感染量为1*10-3.14/0.2ml。以0.2ml/羽的剂量肌肉注射接种1日龄雏鸭,进行动物回归试验,雏鸭能产生与自然感染病例一致的临床表现及剖解病变。2.NDRV-CY株全基因序列测定及分析:使用高通量测序技术获取NDRV-CY株全基因序列,结果显示其基因全长23419bp,共有10个基因节段,共编码12个蛋白。全基因序列分析结果显示NDRV-CY株的10个基因节段与其他NDRV毒株的最高同源性在98.1%～99.5%之间,最低同源性在87.1%～96.9%之间,与近年来国内新分离的QR株、YL株、XT18株、GX-Y7株等毒株亲缘关系最近,与早期分离的毒株亲缘关系较远。此外,对NDRV-CY株的12个编码氨基酸序列进行比对分析,结果显示其共存在34个氨基酸突变位点,其中5个为独有突变,除p10、σA氨基酸序列外,其他编码氨基酸序列均存在一定数量的突变,多数突变也在近年来国内新分离的YL株、XT18株、QR株、GX-Y7株等毒株中出现。3.琼脂扩散试验检测方法的建立:将处理好的NDRV-CY株尿囊液作AGP抗原,以NDRV-CY株三免肉兔后采集的血清作阳性血清。筛选AGP的最佳工作条件,结果显示1.2%琼脂粉溶于pH为7.4的0.9%Na Cl溶液中,加热溶解后以5mm厚度倒入平皿内,凝固打孔,加样置于37℃培养24小时后沉淀线结果判定最清晰。抗原与阳性血清稀释度最高可达1:8;特异性试验显示除NDRV抗体外,抗原不与DHAV、FAdV、AIV、DPMV、TMUV、Duck plague virus、Duck parvovirus等病毒的抗体反应;重复性试验显示批内抗原与批间抗原均具有良好的稳定性;使用AGP与间接ELISA检测方法对同批临床未免疫鸭血清样本进行检测,显示阳性符合率为100%,阴性符合率为90.32%。4.疑似病料病原流行病学调查结果:从川渝部分地区采集163份疑似NDRV感染的鸭肝脏及脾脏样本,采用RT-PCR检测方法共检出阳性样本39份,总阳性率23.93%。其中2020年、2021年阳性率分别为37.07%（33/89）、8.11%（6/74）,χ~2检验结果显示两年度的NDRV感染率差异显著（χ~2=18.613,p＜0.05）。第一季度至第四季度阳性率分别为16.67%（4/24）、26.67%（16/60）、17.24%（5/29）、26.92%（14/50）,χ~2检验结果显示各季度的NDRV感染率差异不显著（χ~2=2.110,p＞0.05）。广汉、隆昌、泸州、荣昌、永川、铜梁等六个地区阳性率分别为54.16%（13/24）、28.00%（7/25）、4.17%（1/24）、17.02%（8/47）、26.09%（6/23）、20.00%（4/20）,χ~2检验结果显示各地区的NDRV感染率差异显著（χ~2=18.894,p＜0.05）。12个规模化养殖场阳性率分别为86.67%（13/15）、0%（0/9）、41.67%（5/12）、15.38%（2/13）、6.67%（1/15）、0%（0/9）、26.82%（7/26）、9.09%（1/11）、0%（0/10）、16.67%（2/12）、36.36%（4/11）、20.00%（4/20）,χ~2检验结果显示各养殖场的NDRV感染率差异显著（χ~2=49.207,p＜0.05）。5.AGP血清流行病学调查结果:从川渝部分地区采集180份临床未免疫鸭血清,使用AGP检测方法共检出阳性25份,总阳性率13.89%。其中2020年、2021年阳性率分别为28.00%（14/50）、8.46%（11/130）,χ~2检验结果显示两年度的NDRV血清抗体阳性率差异显著（χ~2=11.526,p＜0.05）。隆昌、广汉、荣昌、永川等四个地区阳性率分别为18.18%（8/44）、2.17%（1/46）、28.00%（14/50）、5.00%（2/40）,χ~2检验结果显示各地区间的NDRV血清抗体阳性率差异显著（χ~2=16.924,p＜0.05）。6.间接ELISA血清流行病学调查结果:从川渝部分地区采集180份临床未免疫鸭血清,使用间接ELISA检测方法共检出阳性40份,总阳性率22.22%。2020年、2021年阳性率分别为44.00%（22/50）、13.85%（18/130）,χ~2检验结果显示两年度的NDRV血清抗体阳性率差异显著（χ~2=18.997,p＜0.05）。隆昌、广汉、荣昌、永川等四个地区阳性率分别为27.27%（12/44）、4.35%（2/46）、44.00%（22/50）、10.00%（4/40）,χ~2检验结果显示不同地区间的NDRV血清抗体阳性率差异显著（χ~2=26.330,p＜0.05）。综上所述,本研究成功从川渝部分地区疑似病死雏鸭中分离出一株病毒,经RT-PCR鉴定、雏鸭回归试验、全基因序列分析,判定属脾坏死型NDRV,命名为NDRV-CY株。全基因序列分析结果显示NDRV-CY株具有典型的NDRV基因组结构特征,与国内近年来新报道的YL株、XT18株、QR株、GX-Y7株等毒株亲缘关系最近。以NDRV-CY株浓缩病毒液为抗原,建立的AGP检测方法具有良好的特异性及稳定性。疑似病料病原流行病学调查及血清流行病学调查结果提示,川渝部分地区属NDRV病低流行区,阳性率呈年度下降趋势,但仍有不少地区或养殖场阳性率较高,且该病无季节性,须加强防控,防止出现暴发流行。