吐鲁番是古代“丝绸之路”上连接东西方经济及文化交流的通道,更是中国历代王朝统一西域,维护新疆社会稳定的中枢所在。清朝初期的吐鲁番地区在察合台后裔的统治之下,在清朝荡灭准噶尔残余势力后重新回到了祖国大家庭。清廷光复吐鲁番后,将军府制及府厅州县制推行到了该地区,由此形成札萨克制、厅制等多种行政管理形式并存的管理体制,然而建省后裁撤领队大臣,由吐鲁番厅取代原领队大臣的职能,形成了一体化的行政治理体制。清朝于乾隆四十四年设立吐鲁番厅,吐鲁番厅作为吐鲁番地区主要的地方政权,管理当地行政事务的同时处理地方司法案件。建省前札萨克郡王领地内的民事纠纷由札萨克王公自行审理,吐鲁番厅自理其辖地内民事纠纷和轻微刑事案件,同时对于命盗案等重大刑事案件进行初审,初审过后上报。新疆建省后,随着领队大臣的裁撤和札萨克制度的废除,吐鲁番地区的民事和刑事司法管理逐步由吐鲁番厅统一行使。吐鲁番厅同知及巡检作为吐鲁番厅的主要司法人员有缉拿贼盗、接管犯人、开释刑满监犯等司法职责,具体负责吐鲁番地区各案的审理,而案件审理程序因案件属性各有差异,比如刑事案件除了民事案件审理程序之外还会有检查勘验及复核等程序,同时清末吐鲁番地区发生的重大命盗刑事案件的审理跟内地的审理程序有所差距,尤其是建省初期使用变通方法处之。在司法实践中从收呈到执行的每一个程序吐鲁番厅都发挥着地方政权应有的司法职能。在一体与多元的大背景下的吐鲁番地区的法律和司法体系历经军府制及省制等动态变迁过程之后逐渐走向统一化及一体化。而无论在军府制时期还是在省制时期吐鲁番厅发挥着实施教化与普法、维护社会治安、审理刑事和民事案件、监禁与递解人犯、管束在配人犯等司法职能,对于清廷稳定边疆发挥着重要的作用。