本论文以分离自油脂化工废水处理系统中的降解脂肪酸和脂肪胺功能菌株FA-2，及菌株FA-3、菌株1.1505为材料，应用RAPD分子标记技术获得了功能菌株FA-2特异的分子标记，再将RAPD标记转化为SCAR标记用于功能菌检测。用40个10碱基随机引物分别对各DNA样品进行RAPD扩增，筛选能产生最稳定特异条带的扩增引物OPA05，回收其PA-2特异扩增带OPA05-700，并克隆到pMD 18-T载体上，验证后进行序列测定。根据测序结果的两端序列设计特异性更强的引物，转化序列特异的SCAR标记。通过不同的扩增优化实验，建立了适于SCAR扩增的实验条件。采用建立的实验条件，通过对20个培养样品进行PCR扩增，验证了标记的特异性可靠性，证明了菌株FA-2的RAPD标记OPA05-700成功地转换成了稳定的SCAR标记SCA05-700。 为了对生物处理系统中功能菌进行直接的定量检测，需从系统的污泥中制备完整总DNA，以便于建立一种快速高效实用的分子测定方法。通过应用不同的DNA提取方法获得污泥细菌总DNA，通过电泳及SCAR引物的PCR扩增结果比较各种方法的总DNA提取率及其质量。最后确定了快速、高得率、可用于PCR分析的污泥总DNA提取方法，结合荧光定量PCR技术，可实现污水处理系统中功能菌的快速定量检测。