植物激素生物信息平台的构建及其应用

来源 :湖南农业大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:fantasy1998
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近年来,生物信息学得到了前所未有的发展,已成为当今生命科学领域的前沿和热点。而有关植物激素生物学的深入研究,已生成了海量的数据,因此,植物激素相关基因及其蛋白的数据搜集及整理势在必行。本研究以NCBI(National Center for Biotechnology Information)维护的一级数据库作为信息数据来源,根据植物激素相关信息内容将数据库设计为基因、蛋白质、序列和文献4部分,首次构建基于植物激素二级数据库的生物信息平台,主要内容及结果如下:1.通过自编程序,将获取的Web信息以XML(Extensible Markup Language)作为中间格式保存,并将XML数据映射为关系型数据进行批量存储,提高了数据库的构建效率。目前共收集到2429条基因序列、115022条核酸序列、14122条蛋白质序列及140538篇文献记录。2.实现了植物激素二级数据库的检索和分类统计的功能。包括针对基因库、核酸库、蛋白质库和文献库的检索,按植物激素名称、植物激素在器官中的分布、植物体中染色体的分布,以及将植物激素相关基因信息和调控表型的分类统计,可用于辅助研究者确定研究方向和策略。3.建立了本地的电子克隆分析平台。通过电子克隆水稻生长素结合蛋白ABP1以及对水稻生长生长素受体TIR1类似基因cDNA进行生物信息学分析,表明本生物信息分析平台不受网络的限制,使用方便,具有较好的可行性和指导性。4.建立了植物激素测定咨询系统。包括植物激素提取方法数据库、植物激素常规测定数据库、植物激素生物传感器数据库,为植物激素的测定提供了技术咨询服务。
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