科技企业孵化器是国家创新体系的重要组成部分，作为培育中小型科技企业和企业家的特殊组织，在参与中国经济结构调整促进地区经济发展方面发挥着越来越重要的作用。中国的科技企业孵化器从诞生到现在虽然只有短短的二十多年时间，却发展很快，其总规模已经超越美国，成为世界孵化器第一大国。科技企业孵化器的发展得益于政府对科技企业孵化器的大力支持，同时对孵化器的研究也越来越受到学术界的关注。我国学者对科技企业孵化器的研究不断深入，取得一系列科研成果。国内对科技企业孵化器的研究大多集中在概念、分类、体制、融资、所有权归属、激励机制等方面，很少有对科技企业孵化器基础理论的研究和发掘。基于以上原因，本文首先运用新兴古典经济学中的超边际分析方法，建立了创业企业的行为选择模型，深入探讨了孵化器与在孵企业关系，分析了企业孵化器产生发展的必要条件，得出结论认为采用专业化的运行模式是孵化器未来发展的方向。其次以生态观为基础研究了科技企业孵化器的系统及其特性，提出了孵化器生态系统概念，建立了孵化器生态系统运行模型，提出孵化器的生态化发展战略，第三，借鉴波特的钻石模型，建立了科技企业孵化器的双价值链模型，研究了科技企业孵化器增值与在孵企业增值关系，提出科技企业孵化器可持续发展的总体框架。第四，利用数据包络分析方法（DEA方法）对不同运行模式下国家级科技企业孵化器运行效率进行了比较评价。提出了改善国家级孵化器效率的建议。本论文的创新之处有以下几点：第一，运用新兴古典经济学的超边际分析方法，建立了企业孵化器在孵企业超边际分析模型，对科技企业孵化器及其创业企业行为模式进行分析，从而明确了科技企业孵化器的内在运行机理，为科技企业孵化器的基础理论研究提供了一个全新的视角。第二，运用价值链理论建立了科技企业孵化器与在孵企业的双价值链模型，同时科技企业孵化器和在孵企业的价值链分别进行了分析，指出科技企业孵化器和在孵企业的价值增值链是系统增值链条，由于科技企业孵化器参股被孵企业，导致科技企业孵化器增值链条延长，这就为研究科技企业孵化器的发展提供了新思路。第三，首次提出企业孵化器生态系统概念，同时研究了科技企业孵化器生态系统要素和动力运行机制，建议在管理和制定科技企业孵化器政策时，尽量从科技企业孵化器生态系统观出发，避免片面性带来的不利影响。总之，本文引入新兴古典经济学的超边际分析方法来研究科技企业孵化器内在孵企业的行为模式，为科技企业孵化器的基础理论研究填补了空白，同时本文基于生态系统观提出的科技企业孵化器生态系统概念对今后科技企业孵化器的研究和政策制定开拓了新思路，对制定科技企业孵化器的发展策略及推动科技企业孵化器可持续健康发展具有一定的理论价值和实践意义。