目的:本研究旨在通过宏基因组学结合第三代测序技术探究孤独症谱系障碍（Autism Spectrum Disorder,ASD）儿童中口腔无龋患者和重度低龄儿童龋患者唾液微生物的物种多样性、菌群结构、组成、功能及其差异,初步鉴定潜在的与ASD儿童不同龋病状态下的相关的微生物标志物;基于唾液菌群信息建立具有高准确率的ASD儿童的口腔龋病诊断模型,为ASD特殊人群龋病的预防和诊断提供新策略。方法:本研究共收集青岛市以琳学校42名3-6岁ASD儿童唾液样本。根据ASD儿童口腔内龋失补牙数（dmft）可将其分为两组,包括（1）20例患重度低龄儿童龋的ASD儿童为高龋组（Caries-high group,CH组;dmfs≥8且龋坏牙数≥6）;（2）22例无龋的ASD儿童为无龋组（Caries-free group,CF组;dmft=0）。本研究对42份唾液样本提取宏基因组DNA,对16S rRNA全长区域进行聚合酶链式反应扩增,利用Pacbio SMRT三代测序技术对16Sr RNA全长进行测序。本实验用t检验和Wilcoxon rank-sum检验用于评估α多样性分析。根据Unweighted Unifrac和Binary Jaccard非加权距离进行置换多元方差分析和相似性分析来评价两组之间的β多样性。生成不同分类水平的柱形图,以描述微生物的整体组成和丰度。使用p值的Wilcoxon rank-sum检验将ASD儿童两组唾液微生物特点进行比较。p＜0.05被认为有显著性差异具有统计学意义。采用随机森林算法和十倍交叉验证选择微生物标志物和模型建立。通过受试者工作特征曲线（receiver operating characteristic curve,ROC曲线）分析评估获得的龋病模型性能。所有分析均在R语言的“p ROC”软件包进行。结果:（1）通过对比分析唾液微生物的物种多样性发现:CH组的唾液微生物物种多样性（Chao1指数、ACE指数、Shannon指数和Simpson指数）高于CF组,但无统计学差异（p＞0.05）。（2）通过对比分析唾液微生物群落结构发现:两组间唾液菌群结构差异有统计学意义（p＜0.05）,且CF组群落结构相对变异性较复杂（p＜0.05）,而CH组的唾液微生物群落结构则相对较为保守。（3）通过对比分析唾液微生物的物种组成发现:CF组和CH组从门到种水平各组唾液微生物组成较为相似,各个水平均未发现龋病特异性微生物（即只存在于龋病儿童,而在无龋儿童中不存在者）。但是,本研究发现两组间在种水平上存在相对丰度具有显著差异的细菌,可鉴别出在CH组显著高表达的中四个龋病相关微生物（p＜0.05）,包括变形链球菌（Streptococcus mutans）、口普氏菌（Prevotella ori）、浑浊戴阿利斯特杆菌（Dialister invisus）、具核梭杆菌（Fusobacterium nucleatum）,及在CF组显著高表达的三个健康相关微生物（p＜0.05）,包括伯杰氏杆菌（Bergeyella spp.）、南锡普氏菌（Prevotella nanceiensis）、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。（4）基于种系发育水平的口腔微生物组信息建立的ASD儿童龋病诊断模型发现:ROC曲线模型显示在种水平上物种的预测价值更高。（5）通过对比分析预测的唾液微生物功能基因发现:与CF组相比,CH组中的脂类代谢通路等表达相对较低（p＜0.05）。结论:（1）与口腔无龋的ASD儿童相比较,罹患高龋的ASD儿童唾液微生物群落发生了整体菌群结构、物种组成和功能的改变。（2）基于口腔唾液菌群在种水平上建立的龋病预测模型性能最优,提示可利用唾液细菌种水平实现对ASD儿童中的龋齿患者的准确诊断。（3）甄选出7个重要细菌种可作为预测龋病的标志物,将可为ASD特殊人群的龋齿预防和诊断提供新思路。