苦荞BAC文库的构建及BAC末端序列分析

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为了深入挖掘苦荞的基因组信息,筛选与苦荞品质相关的功能基因,以及为苦荞全基因组测序提供帮助,以苦荞品种“晋荞麦2号”为材料,构建了苦荞基因组BAC文库、对部分克隆进行末端测序,对测序后比对得到的部分相关基因表达量进行分析,所得主要结果如下:(1)参考Peterson等方法获得高分子量的核基因组DNA,并成功构建了插入片段约123 kb,克隆数量为30000个的苦荞基因组BAC文库,覆盖苦荞基因组约为6.9倍。(2)随机选取48个BAC克隆进行序列末端测序,得到89条BAC末端序列,通过序列比对分析发现,有7条(8%)有比对结果。其中,有末端序列与rpo Tm2、Trrap和MDR1等已知基因相似,这些基因与DNA锚定,物质跨膜运输和磷酸转移酶活性等功能有关。分析还发现末端序列40G19-F可能是苦荞基因组的重复序列。对3个BAC全长序列进行对比发现与植物发育调控、种子发育和脯氨酸合成相关的基因,分别是homeobox、RIE1和TPRP-F1基因。(3)通过实时荧光定义PCR分析homeobox、RIE1和TPRP-F1基因在苦荞不同组织中表达情况。结果表明homeobox基因在叶中表达最高,在花中次之,根中最低,推测homeobox可能与苦荞叶、花的发育相关。RIE1在各组织中都有较高的表达,其中在叶中表达量最高。TPRPF1基因在苦荞不同组织中表达差异较大,在叶中表达量远高于在苦荞其他组织表达量。
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