新型农村合作医疗基金（简称新农合基金）是通过参合群众、集体和政府三方筹资，用于防止农村居民出现“因病致贫、因病返贫”，对参合农民医疗费用进行补偿的专项资金。我国新农合基金从2003年正式试点实施，2007年开始全国推行。近年来，以政府审计为主体，在对新农合基金的审计过程，以及在对新农合基金管理部门的监管过程中，都发现了一些违法违规的问题。比如，将新农合基金的报销部分作为个人和医院的非法创收手段，通过骗取、套取新农合基金来增加医生个人收入和医疗机构营业收入等。这些运行过程中所暴露的一系列问题，限制着新农合基金作用的发挥。新农合基金审计，关乎新农合基金是否能够有效安全运行，更是规范其使用和管理，深化医药卫生体制改革，提高卫生医疗机构服务能力，维护农民切身利益的有效保障。　　新农合基金主要的运用范围在县一级，随着不断扩展的农民参保覆盖面，县一级每年筹集的新农合基金额度也在逐年增长，防范基金风险已经成为确保新农合基金安全最为关键的环节。　　以风险为导向来进行新农合基金的审计监管应用研究，不仅有利于完善新农合基金的监管体系，加强各个系统部门间对新农合基金流程、资金等方面的监管，摸清机构设置、基金筹集、运营、支付的情况和农村卫生医疗服务的现状；还能揭示存在的违法违规问题；更是在研究新农合最大风险值之后对新农合运行体系所提出的的一种预警，进一步规范新农合基金的管理和运行，分析问题产生的原因，对政府审计机关今后进行一系列的相关审计提供对策和建议。　　在风险产生的各个环节，审计人员所应对的审计风险也相应的逐年加大。随着新农合基金参保人数的不断增加，新农合基金的收入与支出也急剧增长，定点医疗机构数量随之不断增多。在新农合基金的审计上，诸如医疗机构乱收费与新农合基金项目混淆、基金被挤占、挪用等易使政府的公信力受到质疑的现象越来越难以被审计发现。而新农合的审计风险与其制度的规范化与动态全过程的内外监管有着必然的联系，从制度的源头建立新农合基金风险防控体系是降低审计风险，促进新农合资金“收支分离、管用分开、封闭运行”的最有效手段。　　本文从新农合基金惠民政策的大背景入手，分析了新农合基金的发展现状，在对加强新农合基金监管的必要性和紧迫性以及新农合资金运行中的风险因素进行深入分析的基础上，应用风险管理理论，对新农合基金在筹集、运营、支付阶段的风险识别及审计监督进行了阐述。主要从新农合基金审计风险因素、风险识别与风险度量入手，从宏观上对新农合基金风险进行度量，找出其风险损失分布规律。同时，紧紧围绕新农合审计风险防控这个目标，提出新农合基金审计风险预警，再按照新农合基金审计风险分析与识别、度量与评价、防范与控制进行研究，最后构建体系。　　在分析结构上，本文以新农合基金审计风险来切入，根据新农合基金三个阶段的风险点来源，对其审计风险进行划分，并针对这些审计风险点采取措施，分析取得的成效、存在的问题，进一步提出针对新农合基金审计风险防控的对策和建议，弥补了现有研究对新农合基金审计风险防控未进行系统研究的不足。本文在一般层面上提出新农合基金审计风险防控改进建议的同时，根据县新农合基金审计的具体实施情况，为县新农合基金审计提出了一些制度层面的建议，也是从实例上佐证了本文的结论。　　本文主要采用了三种研究方法。一是文献综述法，从国内、国外两个角度，对涉及到新农合审计风险防范的文献进行了综合。二是案例分析法，通过运用A县2016年新农合基金审计数据进行研究和分析，进而提出意见建议。三是跨学科研究方法，即运用了基金管理、风险管理、审计等学科的研究方法。