单位会计信息化是在信息化时代中，对单位财务管理提出的一个新要求。在信息化大行其道的今天，会计信息化的重要性越发凸显，顺应会计信息化潮流也是提高单位竞争力的一种有效手段。而会计信息化发展历程很大程度上要受到会计发展的影响，不断的顺应会计发展要求，成为单位会计信息化的一个重要目标。单位会计信息化在整个发展历程中，解决会计电算化存在的“孤岛”现象一直是努力的方向，使财务数据更方便的进行流转、共享，也是提高单位会计决策能力和管理水平的有效途径。　　近几年中国科学事业单位会计改革幅度较大，新会计制度、准则发布的背景下，诸多科学事业会计工作流程发生了变化。相应的会计信息化流程也需要进行革新，老得会计信息化流程已经不能满足新制度背景下的会计核算要求，而且现有科学事业单位会计信息化程度也比较有限，“孤岛”现象严重。　　本文前部分，对现阶段科学事业单位会计研究背景、研究意义、新制度改革等方面进行论述。后部分具体从科学事业会计信息系统在新会计制度下存在的功能空白，以及与其他管理系统数据无法对接等问题展开，详细分析问题形成的原因以及解决方案，并且将解决方案思路带入案例单位进行实践。主要涉及权责发生制下业务核算信息化问题、期末收入支出结转信息化问题、会计科目与预算项目不对接问题、国库支付系统与会计信息系统不对接问题、以及会计信息系统与付款系统不对问题。　　本文立足于科学事业单位现阶段会计信息化程度，针对实际情况进行问题分析，分析问题后提出解决方案带入实际应用场景进行模拟，最终确定解决方案的有效性。本文通过研究希望可以解决现阶段科学事业单位会计信息化过程中遇到的一些问题，为进一步研究科学事业单位会计信息化理论提供实践基础。