21世纪的全球经济竞争逐步演变为高科技的竞争，依托于高新技术产业发展本国经济已经成为世界各国的共识。2013年，我国的高新技术企业进入“十二五”规划时期，并出台一系列的优惠扶持政策促进其快速发展，但是不可避免的高新技术企业发展面临诸多的风险和不确定性，主要体现在产品生命周期短、市场竞争激烈、研发投入风险水平高，并且从2011—2014年高新技术制造业上市公司被ST数量呈现逐年上涨趋势。为规避风险，预防财务危机的发生，高新技术企业应该建立财务预警系统，管理者可以根据系统发出的危险信号及时调整决策，制定科学性的应对措施，起到防患于未然的作用。本文首先对高新技术制造业进行行业分析，论述当前高新技术企业进行财务危机预警的必要性，其次运用风险管理理论、公司危机管理理论、不对称信息理论、信号传递理论、委托代理理论来分析公司财务危机预警理论，然后在全面性、相关性、可比较性、可操作性原则的基础上选取盈利能力、偿债能力、营运能力、发展能力、现金流量能力指标，并根据高新技术企业行业特点，加入了研发创新能力指标，从三个方面进行体现，即研发支出比率、授权专利数量以及高科技人才配备率。本文在以上理论分析的基础上进行实证研究。选取的是A股高新技术制造业上市公司，并按照行业细分一致、公司规模相近的原则配对19家ST与19家非ST样本，分别以t-1年、t-2年、t-3年的主因子为解释变量构建二元logistic回归模型，并取得了较好的预警效果，在t-1年预测准确性是94.7%，t-2年的预测准确性是86.9%，t-3年的预测准确性是81.6%。回归结果发现：企业研发支出比率与授权专利数量与财务危机呈显著负相关关系，而高科技人才配备率与财务危机的发生关系并不显著。