随着我国经济、社会的快速发展,以城市群为核心的发展形式成为区域发展的主流。为了适应城市群不断发展的需要,需要城市群内完善的交通运输网络支持愈加频繁的物资交往、人员流动,而城际轨道交通以其运量大、安全性高、准时等优势,成为城市群综合快速交通网络的重要组成部分和骨干,也是各级政府积极倡导的城际高速交通网络的发展模式。同时,城际轨道交通不仅能够满足城市群客货运输需求,而且还是影响和引导城市群空间结构发展的重要因素。但城际轨道交通与城市群空间结构具有何种演化关系,并且是如何影响、引导其发展,这在理论和实证上仍缺乏系统的研究。因此,系统、全面地剖析城际轨道交通与城市群空间结构的演化及相互协调,具有十分重要的理论与现实意义。本文按照“观察现象、提炼问题、分析问题、解决问题”的总体研究思路,综合运用分工理论、集聚理论、区位理论、新兴古典经济学等理论,研究通过现象所提炼出的“城际轨道交通是如何影响城市群空间结构发展,是如何与城市群空间结构互动与协调的,促进它们的相互协调需要什么样的组织机制?”三个经济学问题,并逐一进行了解答。首先,论文分析了城市群空间结构发展的基本规律、影响因素、动力和实现路径,指出城市群空间结构的发展经历了“分散发展阶段——极化发展阶段——扩散发展阶段——网络化发展阶段”,每个阶段城市群的发展都具有鲜明的特征。分工与专业化的演进才是城市群空间结构发展的源动力,并且通过延长迂回生产链条、集聚与扩散效应两种作用力来推动城市群空间结构的发展；首次基于微观经济学的循环流量图,将城市群空间结构的发展溯源为企业、产业区位和人口区位选择的演变,构建了本文的基础分析框架。同时,将该分析框架与对城市群空间结构发展动力的分析紧密结合,形成了本文分析三个经济学问题的基本逻辑。其次,论文根据所构建的基础分析框架,首次运用新兴古典经济学的理论和方法,建立相应的论证模型,从分工与专业化演进的视角入手,深入剖析了城际轨道交通在城市群空间结构发展过程中的两条作用路径——企业和产业区位、人口区位演化发展的作用机理,并通过东京都市圈、珠三角城市群的实证分析论证了理论分析结论,以解答“城际轨道交通是如何影响城市群空间结构演化?”这一经济学问题。研究表明,城际轨道交通作为城市群城际交通的骨干,能够影响分工与专业化的演进,进而影响产业区位、人口区位的选择以及城市群空间结构的演化。同时,城际轨道交通网络也能够成为产业、人口的扩散与集聚的重要轴线和空间指向,推动城市群空间结构有序地演化。再次,论文分析了城市群空间结构发展对城际轨道交通的影响和它们之间的互动机制,以及城际轨道交通与城市群空间结构相互协调的内涵和目标,力图清晰地说明它们之间是如何相互协调的,构建了判别城际轨道交通与城市群空间结构相互协调与否的判别框架,并通过东京都市圈的实证分析论证了理论分析结论,以解答“城际轨道交通是如何与城市群空间结构互动与相互协调的?”这一经济学问题。研究表明：城市群空间结构演化与城际轨道交通的发展之间存在着明显的互动关系,它们之间互相影响,互相适应。城际轨道交通与城市群空间结构的相互协调需要在组织层面、地理空间层面、功能层面以及环境层面四个层面分别实现协调发展。最后,论文对促进城际轨道交通与城市群空间结构相互协调所需要的组织机制进行了研究,运用改进的城市间多维协调分析框架,结合我国城市群城际轨道交通发展的实际情况,首次系统地对城市群城际轨道交通在规划、投资和运营中的合作协调机制进行分析,提出适宜城际轨道交通规划、投资和运营的合作协调机制,力求为我国城际轨道交通及城市群经济的高效发展提供支撑,以解答“促进它们的相互协调需要什么样的组织机制?”这一经济学问题。研究表明：在城际轨道交通的规划、投资、运营过程中,应当注重区域协调机构的作用,通过区域对话平台,对城市群城际轨道交通的实际需求进行综合评判,重视城市群规划整合的作用机制。同时,应当充分挖掘城际轨道交通产业的特征,从可盈利层入手,发挥市场机制的作用,通过项目推动、契约治理等方式提升产业活力,提高经营效率。并且应当注重保障机制的建设(其中处罚机制比补贴机制更为有效),通过法律法规以及相关政策规范市场与政府的行为,减少市场失灵和政府过度干预带来的损害。