本文以面临企业化转制的核工业理化工程研究院(本文作者所在单位)为研究对象，通过剖析其内在特征，运用组织设计、组织变革、人力资源管理和微观经济等理论的原理和分析方法，根据当前国家关于科研院所改制的政策，系统分析了该组织在转制过程中面临的变革问题，并重点研究了组织架构设计问题。 通过综合分析我国当今新的市场环境，国家的政治需要和自身发展的目标要求，认为该组织的变革势在必行；该组织当前面临产品、技术、人员四个方面的变革需求，其中人员变革是核心问题。在现有条件下，人员变革是无法解决其自身问题的，它有赖于组织架构变革的成功实施。 本文坚持系统思考准则，以组织架构为研究重点，引申出一个新的组织架构设计平衡模型，该模型认为一个完整的组织架构应包括组织结构、量化的绩效评估系统、薪酬系统和组织文化四个基本要素：依据平衡模型，分别对该组织的组织结构、量化的绩效评估系统、薪酬系统和组织文化现状及未来进行了分析研究，构思了该组织企业化转制后有关组织架构的设计思路，并对变革的有效实施进行了分析。