地下水微生物是地下生物地球化学循环的重要组成部分,由于不可持续的人类活动,我国地下水资源遭受到了严重的破坏,地下水微生物群落结构和功能多样性可以作为地下水环境中重要的生物指标。然而迄今为止的研究大多数集中在某一区域内的微生物群落,在跨区域的更大空间尺度上对微生物群落的研究较少。因此,本文以龙口咸淡水过渡带、策勒绿洲地下水及长江中游潜流带地下水为研究对象,基于16S r DNA高通量测序技术分析了三个研究区地下水中微生物群落结构多样性特征,以及微生物对环境因子的响应。并且比较了不同研究区的微生物结构多样性差异及功能特征差异。得出的主要结论如下:（1）龙口研究区在门水平上处于绝对优势的为变形菌门（Proteobacteria）。在目水平上,红杆菌目（Rhodobacterales）在海水中占主导地位,伯克氏菌目（Burkholderiales）在地下水中占据主导地位。TOC、T、Ca2+、ORP、HCO3-、DO和NO3-对微生物群落结构影响最大。（2）策勒绿洲微咸水组的微生物多样性比淡水组的要高,在门水平上,丰度较高的有变形菌门（Proteobacteris）、拟杆菌门（Bacteroidota）和厚壁菌门（Firmicutes）。p H、TOC、Ca2+和NO3-对微生物群落结构影响显著。（3）长江中游潜流带研究区,江水、潜流带及地下水微生物群落结构有明显的差异。在门水平上丰度较高的类群有:变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidota）和放线菌门（Actinobacteriota）。对微生物群落结构有较大的影响的环境因子有EC、DO、p H、ORP、T和TOC。（4）对三个研究区比较分析发现,龙口咸淡水过渡带和策勒绿洲地下水都与长江中游潜流带的微生物多样性具有显著性差异（p<0.001）,而龙口咸淡水过渡带和策勒绿洲地下水之间的差异不太明显。潜流带中的Shannon指数、Ace指数和Heip指数值远远高于咸淡水过渡带及策勒绿洲地下水。龙口咸淡水过渡带和策勒绿洲地下水微生物群落在门水平和纲水平上结构较为相似,变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidota）都是丰度最高的门。三个研究区微生物群落功能存在差异。在龙口咸淡水过渡带中显著富集的代谢通路有生物降解和代谢作用、膜转运、氨基酸代谢。细胞运动在策勒绿洲地下水中富集较为显著。全局和概览通路、转化在长江中游潜流带富集较为显著。