基于连接反应的荧光定量PCR检测miR-122方法的建立及初步应用研究

来源 :吉林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:aeo55121890
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miRNAs是广泛存在于生物体内的一类单链内源性非编码RNAs,通过与m RNA的3’非翻译区的不完全碱基互补配对来诱导m RNA转录后的降解和抑制其翻译,调控机体许多病理学和生理学过程,包括细胞的代谢、分化和凋亡。研究发现,在许多肿瘤发生、发展和病毒侵染时,miR-122在组织或体液中存在不同程度地异常表达,且其表达水平的差异程度与疾病相关的趋化因子或诊断标志物的表达情况高度一致。miR-122为研究一些肿瘤发展的分子机制、病毒侵染途径及致病性等方面提供了新的方向,也有望成为某些癌症早期筛查和预后诊断的重要分子标志物。目前检测miRNA的方法主要有微阵列、新一代测序(NGS)和逆转录实时荧光定量PCR技术(RT-qPCR)等。但是由于miRNA的序列较短、在生物体内丰度差异大,传统的miRNA检测方法仍然存在灵敏度低、特异性差等难题。miRNA在生物体内的精确定量对其生物学功能和作为疾病诊断标志物的研究都至关重要,因此建立灵敏度高、特异性强、成本低的miRNA检测方法具有重要的意义。本研究以提高灵敏度为目标,建立基于连接反应的荧光定量PCR(Ligation-qPCR)检测miR-122的方法,应用于血清和组织样本中miR-122表达水平的检测,并初步探究其在病毒感染中的潜在调控机制,以及作为分子标志物在一些疾病诊断中的应用价值。首先,我们比较Ligation-qPCR方法常用的MGB探针(在普通探针3’端添加一种小沟结合物的新型探针)和双淬灭探针的灵敏度,发现采用MGB探针Ligation-qPCR检测miR-122的检测极限可达10~3copies,其标准曲线的线性关系良好(R~2=0.9922)。同时为提高血清样品miR-122检测的准确性,参考定量分析血清miRNA的相关研究,选择cel-miR-39作为参照基因,设计cel-miR-39Ligation-qPCR反应体系。通过筛选连接片段,确定cel-miR-39连接片段对(A08,B14)进行Ligation-qPCR反应,其检测最低限度同样可达10~3copies。为验证Ligation-qPCR方法在生物样品中检测miR-122的可行性,采用正常小鼠的心组织、肝组织、脾组织和肺组织进行RNA提取并检测。相比于其他组织,miR-122在小鼠肝组织中显著高表达(p<0.0001),该数据与已被广泛认同的miR-122具有肝组织特异性相符合,表明在核酸种类复杂的生物样品中应用Ligation-qPCR检测miR-122方法是可行的。报道显示miR-122的表达量在多种疾病发生时有显著性差异变化,我们将Ligation-qPCR方法分别应用于肝癌患者血清、乳腺癌移植瘤小鼠血清、H1N1感染和H1N1减毒活疫苗免疫小鼠血清检测,探究miR-122作为分子标志物在癌症和病毒感染诊断、疫苗免疫鉴定的可行性。通过收集24例健康受试者血清、39例肝癌患者血清和7例肝癌术后患者血清,经Ligation-qPCR方法检测,发现与健康受试者血清比较,肝癌患者血清的miR-122表达水平显著下调(p<0.0001);而肝癌患者术后血清相较于肝癌患者的表达量有所上升(p<0.05),表明miR-122可能具有作为肝癌筛查和预后诊断分子标志物的潜力;ROC曲线评价结果表明miR-122曲线下面积(AUC)为0.8828,大于传统肝癌诊断生物标志物(AST、ALT、TBIL的AUC值分别为0.8260、0.7143、0.7108),具有更高的诊断准确性,表明其在肝癌诊断中应用的可行性。另一方面,通过检测乳腺癌移植瘤小鼠血清、H1N1感染小鼠血清和H1N1疫苗免疫小鼠血清,与健康小鼠的miR-122表达水平相比,均无显著性差异(p>0.05),初步认为miR-122可能不具有诊断小鼠乳腺癌和H1N1感染,鉴别H1N1疫苗免疫的潜力。为了更进一步探究miR-122表达水平与病毒组织病理学的关系,分别收集健康小鼠、H1N1疫苗免疫小鼠和H1N1感染小鼠的肺组织、肝组织和脾组织,采用Ligation-qPCR方法进行检测,结果发现与健康小鼠各组织的miR-122表达量相比较,疫苗免疫小鼠肝组织的表达水平显著上调(p<0.01),肺组织和脾组织的表达水平均无显著性差异(p>0.05);与免疫小鼠各组织miR-122的表达水平相比较,H1N1感染小鼠肺组织的表达水平下调(p<0.05)、肝组织的表达水平上调(p<0.001),与脾组织的表达比较无显著性差异(p>0.05)。以上结果表明经免疫后,肝组织miR-122可能在机体的某些抗病毒免疫应答机制中发挥调控作用,在H1N1感染后,miR-122在肺组织和肝组织中可能参与调控了H1N1某些侵染途径,而脾组织miR-122在两个过程发生后未发挥显著作用。综上,本论文建立了Ligation-qPCR检测miR-122的方法,该方法在每个反应体系中可检测10~3个miR-122分子,为其相对定量的分析更为精准,作为生物标志物的准确度大幅提高,在肝癌诊断和病毒感染的组织病理研究等应用中具有参考意义。
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