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茎柔鱼(Dosidicus gigas)属头足纲、枪行目、柔鱼科、柔鱼亚科、茎柔鱼属。茎柔鱼为大洋性浅海种，分布在中部太平洋以东的海域，即在125°W以东加利福尼亚半岛（30°N）至智利（30°S）一带水域，范围甚广。茎柔鱼渔业是东太平洋重要的渔业，主要渔场在南半球的秘鲁外海和北半球的加利福尼亚湾。本文根据2009年7月到10月我国大型鱿钓渔船在东太平洋(81.9°~94.9°W,8.9°~7.7°N,10.2°~11.3°S)秘鲁和哥斯达黎加外海作业期间采集的样本，利用线粒体DNA细胞色素b（Mitochondria cytochrome b，cytb）和细胞色素氧化酶Ⅰ（Cytochrome Oxidase subunitⅠ，COⅠ）两个分子遗传标记，分析了采自秘鲁7个采样点和哥斯达黎加3个采样点的约150个个体的序列多样性与种群遗传结构。采用酚氯仿法提取基因组DNA，根据Genbank中茎柔鱼mtDNA全基因组序列设计两对引物，分别扩增mtDNA cytb和COⅠ基因片段序列。扩增产物经纯化回收和T载体克隆，进行序列测定。用ClustalX1.83软件对测序结果进行序列比对，运用MEGA软件4.0版本统计每个序列片段的碱基组成和序列变异情况，并用邻接法(neighbor-joining，NJ)根据kimura双参数遗传距离即K2-P距离构建系统发育树进行聚类分析。种群遗传多样性的分析采用DnaSP5软件，其中包括对单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(p)两个遗传参数的计算。应用DnaSP软件进行中性测验，主要是对Tajima’s D，Fu’s Fs等参数进行分析，以此指示种群历史的稳定性或种群增长情况。应用ARLEQUIN软件分子变异分析法来分析种群间遗传结构状况。FST值及其相应p值(10，000次排列测验)用于表明种群间的分化程度。通过对155个茎柔鱼个体的线粒体DNA ctyb基因片段测序结果进行分析，获得长度为724bp的基因片段，检测出43个单倍型和16个变异位点。序列多样性分析结果揭示155个个体的平均单倍型多样性指数为0.873，核苷酸多样性指数为0.00369。群体间共享6个单倍型，秘鲁外海茎柔鱼群体享有最多特有单倍型（20个）。分子方差分析揭示，82.70%的遗传变异性出现在种群内；群体间的FST分析揭示部分秘鲁群体与哥斯达黎加群体，部分秘鲁群体间存在着显著的遗传分化；而哥斯达黎加群体内部不存在显著的遗传分化。通过对147个茎柔鱼个体的线粒体DNA COⅠ基因片段测序结果进行分析，获得长度为768bp的基因片段，检测出48个单倍型和60个变异位点。序列多样性分析结果揭示147个个体的平均单倍型多样性指数为0.7512，核苷酸多样性指数为0.00246。群体间共享6个单倍型，秘鲁外海茎柔鱼群体享有最多特有单倍型（25个）。分子方差分析揭示，91.803%的遗传变异性出现在种群内；而2.130%的遗传变异性出现在地理群体间，2.126%的遗传变异出现在地理群体内的种群间。FST分析揭示Peru2、 Peru7和Costa3三个种群相互间遗传分化极其显著(P <0.01)。而哥斯达黎加群体中Costa3分别与Costa1、 Costa2存在着显著的遗传分化。综合线粒体DNA cytb和COⅠ两个基因片段作为标记所得的结果表明：东太平洋茎柔鱼具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性，遗传多样性水平较高，但没有出现明显的遗传分化。采用邻接法构建系统发育树，各分支代表的单倍型不论在地理群体中还是地理群体中的种群间都是错杂散布的。Tajima’s D中性检验和Fu’s Fs分析结果显示东太平洋公海茎柔鱼种群历史上经历过数量上的扩张。本项研究结果为茎柔鱼种群遗传结构的初步确定，并进一步为该渔业资源的科学管理提供参考。为了能更客观地揭示东太平洋茎柔鱼种群遗传结构，在今后的实验中，要进行多年连续采样和多样点采样，综合运用线粒体和微卫星分子标记，并增加茎柔鱼繁殖与非繁殖季节的对比采样，以此获得更可靠的实验结果。