棉花属于锦葵科棉属植物,植物学上称为陆地棉。棉花是主要的工业作物之一,可以提供天然纤维和工业用油。棉花常被称为“白金”,因为作为主要的国际商品之一,棉花产量的多少与全球的纺织品消费相匹配。澳洲野生棉具有种子无腺体性状,而种子萌发后幼苗、茎和叶都转变为有腺体。比克氏棉属于澳洲野生棉,它的种子是无腺体,但是植株的其它部分有腺体。本研究旨在探索比克氏棉种子色素腺体延缓发生的机制。总共构建了21个RNA-seq文库,分别来源于两部分实验的12个样品和9个样品。第一部分实验我们比对了比克氏棉无腺体种子和亚洲棉有腺体种子,以及比克氏棉和亚洲棉的有腺体子苗。第二部分实验包括比克氏棉无腺体的胚珠和有腺体茎和叶。高通量测序技术用以分析和鉴定这些棉花材料种子和子苗里腺体相关基因的表达模式。所有21个样品包含3个生物学重复,两部分实验分别获得了131.33Gb和63.93Gb原始数据。从上述数据中总共获得了7176和2153个差异表达基因。第一部分实验筛选到7196个差异表达基因(DEGs)包含3716个上调表达基因和3480个下调表达基因,第二部分2153个差异表达基因(DEGs)包含1176个上调表达基因和977个下调表达基因。GO和KEGG注释分析鉴定了有腺体子苗和无腺体种子特有的基因功能。基因共表达网络分析揭示4个模块与无腺体种子表型高度相关。加权基因共表达网络分析(WGCNA)用以鉴定每个模块的核心基因。最终,我们挑选了13个在转录组中差异表达的基因用qRT-PCR进行了验证,涉及转录因子、蛋白和MYB相关基因。这些基因可能在腺体延缓发育性状中起到重要作用。本研究对种子和植株无腺体性状相关基因进行了全面的分析,为将来基因功能分析奠定了基础。