乡镇卫生院位于县、乡、村三级农村医疗卫生体系的枢纽位置,为群众提供基本医疗卫生服务和基本公共卫生服务,是满足广大农村居民就医需求,实现“人人享有最基本医疗服务”目标的重要保障。在实施基本药物制度以后,采取多渠道补偿措施对减收的药品收入予以补助是维持乡镇卫生院正常运转的必然选择,而财政补偿为主体更加体现了政府办医的职责,以及营利性向公益性回归的政策导向。本文以公共产品理论和财政分权理论为基础,主要采用文献研究法和比较研究法,对2009年以来针对乡镇卫生院的财政补偿政策进行梳理,整理财政补偿的总体情况,分析取得的效果。在此基础上发现现行财政补偿存在的问题,并分析背后的原因,就问题和原因提出建议。经研究发现,现行的财政补偿机制存在的问题有:一是核定收支、差额补助的补偿政策自身存在缺陷,表现在核定收支的不确定性与补偿数额的确定性之间的矛盾、指标式确定收入数额有违公益性、预决算差额处理面临困境;二是各地政策执行差异大;三是激励作用缺失,提供服务积极性受挫;四是基本公共卫生服务补助资金的使用存在问题。经过分析,导致这些问题的原因主要有:一是乡镇卫生院具有公立医院及公共卫生服务机构双重属性;二是政策导向偏差与冲突;三是市场机制的作用没有充分发挥;四是财政支出压力大,难以足额保障;五是基本公共卫生服务补助资金政策的变化。针对上述问题,提出改进的建议:一是找准政府在乡镇卫生院发展中的角色定位;二是推行“定项补偿”,提升财政资金使用效率;三是配套实施薪酬制度改革;四是管好用活基本公共卫生服务补助资金。