东方蜜蜂（Apis cerana）是我国唯一本土饲养,兼有生态价值和经济价值的授粉昆虫。秦巴山区作为我国东方蜜蜂分布较为密集的地区之一,环境优越,为我国南北过渡区,以中、低山为主,生境较为一致。本文利用22个微卫星标记,研究秦巴山区17个样点共1 171群东方蜜蜂的自然种群划分和种群遗传结构,探讨分化机制,分析地理距离与遗传分化的相关性,评估当地东方蜜蜂种群遗传多样性水平。（1）秦巴山区17个东方蜜蜂样点间的遗传分化系数（Fst）和遗传距离（Da）分别为0.0052～0.033和0.034～0.146,95%的变异来源于样点内,主坐标分析、Structure分析、主成分的判别分析与聚类分析一致,均表明秦巴山区东方蜜蜂未分化,整体与长白山、阿坝东方蜜蜂在遗传上显著不同;（2）秦巴山区东方蜜蜂未产生分化,直线距离最远的样点间达650 km,遗传距离与地理距离的相关性分析所得回归方程为y=-0.00131x+0.02474,R~2为0.02328。表明,在秦巴山区这样的均质环境,种群连续分布的条件下,650km不足以造成东方蜜蜂的遗传分化,且该范围内东方蜜蜂遗传距离与地理距离没有关联。（3）22个微卫星位点高、中、低三种类型均有包含,其中,16个位点为高度多态信息位点（PIC>0.5）,4个中度多态位点（0.25<PIC<0.5）,2个为低度多态位点（PIC<0.25）。秦巴山区东方蜜蜂整体的遗传多样性丰富均一,平均期望杂合度为0.599±0.015,平均观察杂合度为0.555土0.019,平均等位基因数为7.329土0.513,平均有效等位基因数为3.460±0.155,平均多态信息含量为0.560±0.015,平均香农指数分别为1.287±0.041。