高管薪酬激励是解决经营者和所有者之间代理问题的有效方法，由于我国自然垄断行业垄断利润的存在，夸大了垄断企业高管的经营绩效，高管薪酬激励效果并不理想。与非垄断行业相比，垄断利润放大了制定高管薪酬的标准。本文尝试在对高管实际经营绩效进行客观评价的基础上，建立自然垄断行业高管薪酬激励机制。自然垄断行业高管薪酬激励存在收入偏高、薪酬结构不合理、在职消费过高、薪酬激励力度过度等问题。解决高管薪酬激励问题的前提是对高管经营绩效作出客观评价。根据自然垄断行业的经济特征，资源配置效率和科技进步率是自然垄断企业绩效评价的重要内容。本文从这两个方面考虑，建立高管绩效评价指标体系。在选择绩效评价指标时，将技术创新贡献率和管理创新水平贡献率纳入指标体系，并通过TFP量化反映。在高管薪酬激励机制设计中，考虑了短期薪酬激励和中长期薪酬激励，建立了高管年薪模型。自然垄断行业高管基本薪金的确定参照央企负责人基本薪金确定的方法；绩效薪金以高管实际经营绩效为基础，剔除垄断租金的影响，客观反映高管经营绩效。另外，在年薪模型中考虑股权激励，将股权收入作为高管的一种延期支付薪酬激励，激励和约束高管行为，实现高管与所有者风险共担、利益共享。