农村信用社作为联系城乡金融企业，以三农为市场定位，是农村金融的主要支持者和主要融资平台，风险管理水平的高低与否，对于自身和农村金融市场稳定意义非常重大。农村信用社地处农村、点多面广、成长历程错综复杂、管理体制不顺、整体队伍基础差等客观原因，造成管理经营水平不高、风险管理意识淡薄、内控监督不健全等问题，操作风险问题比国内其他金融机构要复杂的多，面临着巨大的操作风险，形势严峻。尤其是近年来操作风险频发，给农村信用社造成巨大经济损失和声誉损失，严重影响了我国农村信用社的农村商业化改革进程。因此，防范操作风险成了一个十分重要而亟待研究课题，对于控制风险、改善经营环境、促进业务发展、打造核心竞争力、遏制农村信用社经济案件发生具有重大的理论意义和现实意义。本文以农村信用社操作风险管理为研究对象，综合运用系统、流程管理、内部控制、全面风险管理等理论，分别采用了文献研究法和系统分析法等方法对农村信用社操作风险进行研究。首先，从操作风险相关基本理论入手，概述操作风险权威概念，进而引出了操作风险管理基本理论。其次，对现在所面临的操作风险和出现问题做概要性总结，然后进行成因分析。最后，以巴塞尔新资本协议为指导思想，参考国内外活跃银行的先进操作风险管理经验，针对农村信用社现状，从从组织架构、教育培训、流程、信息科技、管理方法五个方面提出了农村信用社操作风险管控体系建设方案。本文主要在以下方面进行了创新性研究：一是参照植物根系生长模式应用于农村信用社操作风险管理。二是基于逻辑学的推理模式提出了风险模拟衍变预警方法。三是根据农村信用社特殊状况，构建了农村信用社现状的操作风险管控架构。