本论文选取5种新疆常见抗黄萎病性不同棉花，采用营养液培养方法收集棉花根系分泌物，通过高效液相色谱法（HPLC）对根系分泌物中酚酸组分种类及其含量进行测定，通过平板抑菌试验对棉花根系分泌物及外源酚酸对黄萎病菌生长的影响进行试验；根盒种植棉花，测定不同土壤条件不同品种棉花叶片叶绿素含量、植株高及棉花植株生物量，80天后收集土样，测定距根系不同距离土壤酶活性、微生物数量及根际土壤微生物遗传多样性，用于阐明抗黄萎病性不同棉花与黄萎病菌、土壤酶活性、土壤微生物群落的潜在关系。结果如下：　　（1）抗病棉花根系分泌物对黄萎病菌生长有抑制作用，感病品种则促进病菌生长。HPLC检测出棉花根系分泌物中酚酸主要有没食子酸、绿原酸、香草酸和对香豆酸。绿原酸和对香豆酸抑制病菌菌丝生长；香草酸在低浓度时前期促进，后期抑制，高浓度时始终抑制病菌菌丝生长；浓度小于800mg/L时没食子酸对菌丝有明显促进作用。没食子酸、绿原酸在低浓度时抑制黄萎病菌产孢，高浓度则促进产孢，香草酸和对香豆酸对黄萎病菌产孢表现为抑制作用。　　（2）土壤生物酶活性与棉花品种、土壤距离根系远近和对土壤不同处理都有密切关系。生物有机肥或拮抗菌和种植抗病棉花可有效改善黄萎病土环境，使病土中土壤酶活性朝健康土壤方向发展。生物有机肥为棉花生长提高充足营养，棉花叶片中叶绿素含量、植株高和生物量都有所提高。　　（3）棉花根系对微生物具有选择性的吸引和排斥作用，不同土壤处理也会对土壤微生物结构产生重要影响。健康土中抗和耐黄萎病棉花品种根际土细菌/真菌、放线菌/真菌都高于种植感病棉花品种的土壤。病土接种拮抗菌或生物有机肥后，细菌数量增加，真菌数量相对减少，土壤从低肥效的“真菌型”向高肥效的“细菌型”转变，减轻病原菌对棉花的危害。　　（4）不同抗性品种棉花和不同土壤处理的根际土壤均有较高的细菌和真菌多样性。随着拮抗菌和生物有机肥的加入抗黄萎病棉花根际土中细菌多样性指数（H）和丰富度（S）升高，耐病和感病棉花根际土的细菌丰富度有降低趋势。