柑橘间座壳菌（Diaporthe citri）是我国柑橘上的一种优势间座壳属病原真菌,由其引起的柑橘黑点病在我国柑橘产区广泛分布,可为害所有柑橘栽培品种,导致果实的外观品质下降和销售受阻,进而带来严重的经济损失,已成为我国柑橘上最为重要的真菌病害之一。为了明确柑橘间座壳菌的群体遗传结构和有性生殖情况,从而为柑橘黑点病的防治提供科学依据,本研究筛选了14个具有多态性的SSR（Simple sequence repeat）位点,从我国福建省、贵州省、江西省、浙江省和湖南省共收集了368株柑橘间座壳菌。利用SSR分子标记分析了柑橘间座壳菌在地域、果园和单株树空间尺度上的群体遗传多样性和遗传结构。同时根据交配型基因确定了柑橘间座壳菌的有性生殖方式,分析了不同空间尺度上柑橘间座壳菌的交配型分布情况和生殖模式以及两种交配型亚群体的遗传多样性和遗传分化情况。主要研究结果总结如下:1.不同空间尺度上的柑橘间座壳菌群体均具有较高的遗传多样性。地域、果园和单株树空间尺度上群体的Nei’s基因多样性分别为0.409、0.348和0.363,Shannon信息指数分别0.787、0.684和0.681。5个省份中,福建亚群体的遗传多样性最高,浙江亚群体次之,二者的Nei’s基因多样性分别为0.638和0.569,Shannon信息指数分别为1.252和1.132。湖南、江西和贵州亚群体的遗传多样性水平接近,Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别介于0.403～0.424和0.839～0.874。2.AMOVA（Analysis of molecular variance）分析表明,柑橘间座壳菌在不同省份间（P=0.001）及同一地区不同果园间（P=0.001）具有显著的遗传差异,而在同一果园内不同果树间不存在显著遗传差异（P=0.240）。Phi PT值,PCA（Principal coordinate analysis）及MSN（Minimun spanning network）分析表明,5个省份柑橘间座壳菌亚群体间存在显著的遗传分化（0.082≤Phi PT≤0.440,P<0.001）,被分为两大遗传组群,其中湖南、江西和贵州亚群体属于一个组群,福建和浙江亚群体属于另一个组群。STUCTURE分析发现5个省份的柑橘间座壳菌中共有两个遗传类群（Genetic cluster）（K=2）,且两个类群不均匀地分布于各省中。类群1主要分布于福建省,类群2主要分布于湖南省、贵州省和江西省中,两个类群在浙江省的分布比例接近。因此,5个省份亚群体间存在着不频繁的基因流,其中贵州、江西和湖南亚群体间的基因流较强,但它们与福建和浙江亚群体间的基因流较弱。3.AMOVA分析表明,分布于地理亚群体间的遗传变异显著高于寄主亚群体间。MSN结果表明,柑橘间座壳不存在显著的寄主相关性遗传分化现象,但可按照地理来源形成不同的遗传聚类。Mantel分析表明,柑橘间座壳菌的遗传距离与地理距离具有显著的相关关系（地域尺度:r=0.7228,P=0.001;果园尺度:r=0.124,P=0.003）。因此,柑橘间座壳菌的遗传变异受寄主影响很小,而地理隔离导致的基因流阻断可能是影响柑橘间座壳菌群体间遗传分化的重要因素。4.柑橘间座壳菌是异宗配合真菌。不同省份、单个果园、单棵树上均同时存在两种交配型,且分布比例接近1:1;单张叶片和单个果实上也同时存在两种交配型菌株;不同空间尺度上分别有4个省份,3个果园和4个果树亚群体可以接受连锁平衡零假设;两种交配型亚群体具有较高且相似的遗传多样性水平,且群体间不存在显著的遗传分化;同一果园中不同橘树间不存在共享MLG（Multilocus genotypes）,同一叶片和同一果实上存在大量不同的MLG。由此,我们推测果园中柑橘间座菌的有性生殖频繁发生,子囊孢子在病害循环中也发挥着重要的作用。