高校重点学科经过近二十年的建设，其教学、科研条件得到了明显改善，学术水平、培养高层次人才和承担国家重大任务的能力得到了显著提高，促进了高等学校学科结构的调整和优化，已成为我国高等学校重要的具有骨干和示范作用的教学、科研基地。 目前我国高校学科建设经费筹集渠道已渐成多元化的态势，但是经费投入总量上仍显不足，经费投入的不足成为高校学科建设的“瓶颈”之一。长期来看，随着我国经济实力的进一步提升，投入的加大是可以预见的。但目前的情况要求我们，要在经费投入有限的情况下，深入探寻提高和保障学科建设经费投入产出效率的措施。 “对一个组织利用资源的经济性、效率性和效果性所进行的审计”——这是绩效审计最广泛、最本质的含义。基于受托责任理论、信息理论以及“有限理性理论”的认识，如果能在高校范围内，充分利用内部审计机构的资源，适时地将高校内部审计的重心从传统的财务合规审计模式转变为注重“经济性、效果性、效率性”的绩效审计模式上来，并有针对性地在高校学科建设经费这一项目上开展绩效审计，这将对于学科建设资源的有效配置、权力的制约和监管及杜绝腐败、高校内部审计水平的提升都是有益的，长期来看甚至可`以为高校的可持续发展提供保障。 就目前的学科建设的管理和监督情况来看，学科建设经费的绩效审计发展中存在以下几个方面的问题：1．高校绩效审计未得到应有重视；2．现在有的学科建设评估工作及时性差；3．当前高校的学科建设经费审计工作仍以财务收支审计为主；4．高校审计机构开展绩效审计的主动性不强。总体来看，虽然我国高校及高校的上级管理机关在学科建设经费的管理上取得的成效有目共睹，但是高校内部开展学科建设经费绩效审计的主动性没有得到充分的调动，实践步伐缓慢，成效也不明显。 我国高校学科建设绩效审计发展过程中存在的诸多问其根源是多方面的，本文主要从高校内部审计主体独立性方面、相关法律法规方面、内部审计观念与思路方面、绩效审计评价指标和技术方面以及高校内部审计资源配置方面分析了制约高校学科建设经费审计发展的因素。 针对目前存在的制约高校学科建设经费绩效审计发展的主要因素，本文在最后一个部分即第三部分提出了几点应对措施：1、加强绩效审计宣传，树立绩效审计观念；2、完善高校学科建设经费绩效审计的规范体系；3、把握学科建设经费绩效审计的原则；4、探索高校学科建设经费绩效审计评价标准；5、完善我国高校内部审计领导机制；6、提高审计人员素质，加强审计队伍建设；7、建立高校间学科建设经费绩效审计网络案例库。