蛋白质在生物体内占有特殊地位,是生物体的基本构件。几乎一切生命现象都要通过蛋白质的结构与功能体现出来,而蛋白质的功能取决于其自身的结构。作为研究蛋白质结构和功能的重要手段,蛋白质的相似性比较显得尤为重要。鉴于当前对蛋白质相似性比较的研究仍处于探索阶段,不同的方法各有优劣。本文从蛋白质结构特性出发,从蛋白质两两比对和多对比对两方面,提出了两种比对方法。第一种方法,提出利用结构字母表和CGR游走技术相结合的方法,对蛋白质结构信息进行再现,得到了蛋白质结构的CGR图像,通过分析图像,能够找出蛋白质分子的主体结构,并得到各结构对整体结构的贡献率,对差异较大的蛋白质对象进行筛选,实现了蛋白质对象的粗分类。然后本文又分别利用线性拟合和hausdorff距离两种方法对蛋白质相似度进行计算。第二种方法,从蛋白质的基本组成单元——氨基酸入手,对氨基酸以及蛋白质多肽链中的组分和典型结构进行综合分析,选取适当对象作为约束条件,依托模糊数学等价矩阵理论,运用传递闭包的方法,对多个蛋白质对象进行相似性比较和分类。第一种方法的优点在于:由于蛋白质结构比蛋白质序列更为保守,因此,基于结构字母的方法与单纯研究氨基酸序列的方法相比,更有利于找到结构和功能相似的蛋白质。第二种方法的优点在于:利用模糊等价矩阵理论可以实现同时比较多组蛋白质对象,对蛋白质相似性比较和分类效率的提高有很大的帮助,同时对蛋白质结构预测也具有一定的借鉴意义。