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小肠结肠炎耶尔森氏菌（Yersinia enterocolitica）,一类能引起一种叫做耶尔森氏菌病（Yersiniosis）的人兽共患病的重要食源性致病菌。它不但能够感染猪、牛、羊等各类动物,而且被感染的动物排出的粪便中也携带该菌,从而污染人类食用的食品、水源等资源,导致人类发生呕吐、腹泻等不适症状,严重者甚至能够威胁到生命。本研究主要通过对我国牛羊主产地区的牛羊养殖环境、屠宰加工过程及鲜乳采样,分离与鉴定小肠结肠炎耶尔森氏菌,快速筛查和分离流行菌株,分析并确定优势病原种类、流行血清型及基因型来揭示牛羊养殖、屠宰和牛奶生产过程中该菌的流行与传播规律,并建立适用于现场检测的方法,为牛羊养殖和屠宰中该菌的防控提供重要依据。1、对2018-2020年我国牛羊主产区牛羊源小肠结肠炎耶尔森氏菌进行病原特征研究。对来自于6个地区的2291份样品进行分离培养、PCR鉴定、玻片凝集以及药敏试验,以掌握其感染情况、毒力基因型和血清型的分布以及耐药情况。结果表明,在2291份样品中,共分离出该菌109株,总检出率为4.76%,其中辽宁地区检出率最高（20.42%）,并且各类检测地区的检出率差异显著（χ~2=288.153,P<0.01）,各类检测样品的检出率差异没有统计学意义（χ~2=1.734,P>0.05）。在本次分离菌株中,ystB基因作为优势毒力基因,O:5,27作为优势血清型,并且菌株对红霉素、氨苄西林、磺胺异恶唑与头孢噻吩的耐药率均为100%,对多粘菌素B以及氟苯尼考的敏感率均为100%,分离菌株多重耐药率较高,建议加强对耐药性的监测与管理。2、针对小肠结肠炎耶尔森氏菌的高度保守性基因foxA以及3种染色体毒力基因ail、ystA、ystB设计并合成引物,建立一种多重PCR检测方法,该方法能够鉴定小肠结肠炎耶尔森氏菌,同时判断其是否具有致病性。利用单重PCR方法与本实验所建立的多重PCR方法对145株可疑菌株进行检测并加以分析。结果表明,所建立的多重PCR方法特异性比较强,重复性良好,灵敏度高,对ystA、ail、ystB以及foxA基因的最低检测限依次为3×10-3 ng/μL、3×10-3 ng/μL、1.8×10-3 ng/μL和3.2×10-3 ng/μL。对145株可疑菌株的检测结果显示,其中38株只含有foxA基因,71株含有foxA和ystB基因,未检出含有ail和ystA基因的菌株,与单重PCR结果一致。该方法可一次性检测4种基因,较单重PCR方法更省时省力,对于含有不同毒力基因的小肠结肠炎耶尔森氏菌的快速检测具有重大意义。3、为了进一步检测致病性小肠结肠炎耶尔森氏菌,以其毒力基因ail建立了一种无需大型仪器、方便快捷的核酸可视化生物检测方法—RPA-SYBR Green I,该方法将重组酶聚合酶等温扩增（RPA）与荧光染料SYBR Green I的可视化相结合。将反应温度、引物浓度等一系列条件进行优化后,最终确定该反应的最佳温度为39℃,引物浓度为0.12μM,该方法可在大约20分钟内（从基因组提取到肉眼观察结果）完成对靶基因的检测。所建立的检测方法特异性比较好,最低检测限是10~4 CFU/mL,与普通PCR一致。运用该方法与普通PCR共同鉴定了5个加标肉类样品和15个的实际肉类样品,结果显示两种方法的一致性为100%。RPA-SYBR Green I是一种可视化、便利化、适合于现场快速检测的方法,该方法在临床与现场检测方面将会有重大的应用价值与意义。4、本实验进一步以毒力基因ail为目的基因,将RPA等温扩增反应与QDNBs和McAb的偶联物作为检测探针形成的量子点免疫层析试纸条相结合,实现体温触发以及快速可视化检测。所建立方法的最佳C线划膜浓度为1mg/mL,T线划膜浓度为0.5 mg/mL,最佳上样缓冲液为含有0.25%Tween 20的10 m M PB溶液,最佳QDNBs-McAb用量为2μL,最佳引物浓度为0.12μM,RPA反应时间为5 min,反应温度为手心温度（35-36.5℃）,该方法可在大约10分钟内（从基因组提取到肉眼观察结果）完成对靶基因的检测。最低检测限为9.6×10~3 CFU/mL,所建立的标准曲线方程为:y=0.144x-0.5098,相关系数R~2=0.9863。加标样品中,牛肉与猪肉样品在加标浓度为1.92×10~4 CFU/mL时回收率为42.19%-48.43%,而加标浓度为9.6×10~6 CFU/mL和9.6×10~8 CFU/mL以及鸡肉各加标浓度的回收率范围为92.71%-108.85%。在15份实际肉类样品中,仅检测出1份猪肉样品为阳性,该结果与普通PCR一致。所建立的方法无需使用大型仪器,操作简单,即使非专业人员也可轻松操作,这对于致病性小肠结肠炎耶尔森氏菌的现场快速检测以及家庭自主检测具有重大意义。综上所述,本研究完成了对我国牛羊主产地区小肠结肠炎耶尔森氏菌病原特征的调查,总结并分析了流行与传播规律,并建立了3种检测方法,为动物养殖与食品安全的小肠结肠炎耶尔森氏菌的防控与净化提供了支持与保障。