云南小粒咖啡发酵是典型的湿法发酵过程，而它优良品质的形成与发酵过程中的微生物有着密切关系。目前国内对云南小粒咖啡的研究只停留在咖啡种植资源收集、遗传育种、咖啡系列产品开发等领域较多，但在咖啡发酵领域还未曾研究过。本文对咖啡发酵过程中各个阶段进行样品采集，同时对发酵体系中的物理指标如温度、含水量和pH进行测定。并采用传统的微生物培养法和变性梯度凝胶电泳技术相结合对云南小粒咖啡湿法发酵过程中的微生物进行了菌群结构和演变规律的分析，鉴定了微生物种类，并确定了优势菌种。同时对发酵过程中的有机酸含量和果胶酶的活性进行了检测，为揭示咖啡发酵的机理奠定了基础，本研究的主要内容是：1、本文对云南小粒咖啡发酵过程中各阶段的的物理因子进行了检测，包括温度、含水量和pH。发酵堆的上部、中部、下部温度相差不大，且随着时间的推移，发酵温度整体变化不大，在20℃左右小幅度波动。而pH整体呈下降趋势，在发酵前18h，缓慢下降，发酵18h至23h，下降最快，发酵23h到36h，又降低缓慢。含水量在发酵前13h有小幅度上升，13h之后的变化规律与pH相同。研究结果表明，测量的理化影响因子的变化与微生物的变化规律及咖啡的品质有着密切的关系。2、在云南小粒咖啡湿法发酵过程中，采样阶段分为发酵0h、13h、18h、23h及36h五个时间点。分别取发酵堆的上层样、中层样、下层样和混合样（上层、中层和下层的混合样）。传统的微生物培养采用了七种不同的培养基（YEPD、LB、查氏、MRS、EMB、DG18、WL），以及不同的浓度梯度（10-3、10-4、10-5），在20℃的条件下对微生物进行培养、计数、分离、纯化和鉴定。并对所有鉴定纯化后的微生物进行保存。对分离得到的所有的微生物进行PCR扩增、测序及鉴定菌种类型的实验，结果发现大量的产果胶酶的微生物。发酵初期以细菌占主要优势。鉴定的细菌主要有肠杆菌属、芽胞菌属、假单胞菌属、泛菌属；其次是葡糖杆菌属、克吕沃尔菌属、还有耶尔森氏菌属和沙雷氏菌属；鉴定的丝状真菌主要包括枝状枝孢菌、总状毛霉等。随着发酵的进行，细菌和真菌的总量在逐渐减少，而酵母的总量却在增加。鉴定的酵母的种类主要有毕赤酵母菌属；其次是孢汉逊酵母属、假丝酵母菌属、红酵母菌属。3、本研究对典型的四种产果胶酶的菌种：毕赤克鲁维酵母、葡萄汁有孢汉逊酵母、枯草芽胞杆菌及产气肠杆菌的产果胶酶进行了验证实验。在培养条件与发酵体系保持一致的条件下进行，结果表明四种菌株都能产生清晰的透明圈，即产生了果胶酶。4、采用PCR-DGGE技术对小粒咖啡发酵过程中的样品匀浆液直接提取全DNA，然后进行DNA的扩增实验，最后对细菌、酵母、真菌进行变形梯度凝胶电泳，从而确定了发酵过程中的优势菌种，并对微生物的菌落结构和演变规律进行了分析。其中细菌以Halospirulina sp、变形菌门、肠杆菌科细菌、水生拉恩氏菌、蜡样芽孢杆菌和成团泛菌为优势菌种；酵母以毕赤克鲁维酵母、葡萄汁有孢汉逊酵母、Gibberella stilboides和乳源酵母为优势菌种。5、本文应用DNS法对云南小粒咖啡发酵中果胶酶活性进行了测定。在发酵初期果胶酶活性为211u，随着发酵的进行酶活是逐渐增加的，发酵18h时达到最大值，酶活在740u左右，之后逐渐减小。果胶酶活性的变化规律与产果胶酶的优势菌种的变化规律保持一致。6、本研究应用高效液相色谱法对发酵过程中的咖啡样品中的八种有机酸进行含量的检测。结果发现，在整个发酵周期内，草酸、乙酸、乳酸含量随着发酵的进行是逐渐增加的。在发酵18h到23h是增长速度最快，23h后增加变缓，这也和pH的变化规律相吻合。而苹果酸、柠檬酸、琥珀酸和丙酸在发酵过程中变化很小。它们当中丙酸的含量是最低的，这种酸的含量变化是先增加再减小，发酵18h时在整个周期内是含量最大，为0.188mol L￣1。而在发酵结束的时候，含量为0.016mol L￣1，基本上检测不到。整个检测过程中未发现丁酸的存在。