随着我国经济发展步入新常态,财政收入增速放慢,保障和改善民生的财政支出规模却不断扩大,财政收支矛盾进一步加剧。作为公共财政支出的重要组成部分,财政专项资金管理和使用存在着资金闲置、严重损失浪费、分配不规范等一系列问题。绩效审计是检查资金是否发挥预期效益,查处资金盗用挪用、闲置浪费的重要监督手段,通过提出建设性的审计意见和建议,能有效促进专项资金在分配、管理和使用等环节的经济性、效率性和效果性。本文对Y县疾控中心财政专项资金绩效审计展开案例研究,对于完善财政专项资金绩效审计理论体系,改进财政专项资金绩效审计实务工作,具有重要的理论和实践意义。本文以新公共管理理论、公共受托责任理论和PDCA-戴明循环理论为指导,阐述西方发达国家的绩效审计理论,总结我国绩效审计的经验。结合Y县审计局对县疾控中心财政专项资金绩效审计案例,描述绩效审计准备、现场实施、审计结果、报告和后续跟踪检查等阶段,发现审计组缺乏独立性、绩效审计程序实施不到位、审计结果公开不充分、审计结果没有得到完全落实等问题。深挖产生此类问题的共性原因有双重领导的审计体制,绩效审计准则尚未建立,审计人员绩效审计胜任能力不足,缺少后续跟踪审计。为提高绩效审计质量,本文借鉴最高审计机关国际组织和美国、英国、澳大利亚开展绩效审计的理论和实务经验,从体制、法律法规、人员、审计程序四个方面提出建议:我国应建立绩效审计准则体系,完善财政专项资金绩效审计结果公告制度;县级审计机关要积极探索如何使人财物统一,适应审计管理体制改革,增强县级审计机关的独立性;要加强绩效审计人才队伍的建设,从绩效审计人员的准入、后续培训和退出等方面严把关、强管理,提高财政专项资金绩效审计人员素质;要认真落实后续跟踪审计程序,构建绩效审计的PDCA循环,为财政专项资金绩效审计发挥作用保驾护航。