人单核细胞与巨噬细胞染色质空间结构与转录调控的研究

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长期以来,单核细胞向巨噬细胞的转分化一直受到人们的广泛关注,以便更好地了解这种免疫反应和发育过程的相关细节。在这个分化过程中染色质构象的相应变化的及其与转录组的关系尤其引人注目。因为单核细胞向巨噬细胞分化几乎不涉及有丝分裂,而染色体的复制与重排通常被认为是染色体结构发生重大变化的必要步骤。为了研究这些问题,我们利用原位Hi-C技术以及RNA-seq技术阐述了原代人类单核细胞在巨噬细胞发育过程中的转录和染色质结构变化。我们发现,在诱导成为巨噬细胞后,基因组结构经历了大规模重塑。大约有80%的拓扑结合结构域,75%的茎环结构,以及大约80%的先前被忽视的“发夹”结构出现变化。特别是TAD和发夹的变化与巨噬细胞基因表达变化有一定关联。然而,这些结构变化与最近对白血病细胞系THP-1的研究中描述的结构变化有很大不同。此外,在THP-1细胞分化过程中,对基因组结构变化有重大影响的AP-1基因家族发生了显著上调,但是该结论并未在原代单核细胞中得到证实。综上所述,我们的研究初步描述了单核细胞向巨噬细胞分化期间基因组结构的变化,为进一步研究染色质不经复制、重排而发生结构变化的机制提供了初步见解,并展示了使用原代细胞进一步验证来源于细胞系所得的结论,具有重要意义。
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