橡胶死皮病相关病毒的筛选鉴定

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橡胶树死皮病(Tapping panel dryness,TPD)引起橡胶韧皮部乳管退化,导致橡胶树产胶量减少或者完全停止产胶,给橡胶生产带来巨大损失。橡胶死皮病发现至今已逾百年,其病因众说纷纭,莫衷一是。为了揭示与橡胶死皮病相关的病原微生物,我们首先利用转录组测序和数字表达谱(DEG)分析技术,筛选可能与橡胶死皮病相关的病原,分析死皮病橡胶树的组织结构特征,并对相关病原进行深入鉴定,得到以下结果:1、通过石蜡切片分析发现,与健康植株相比,橡胶死皮病病树韧皮部的乳管细胞萎缩,不同树干部位的乳管萎缩症状不同,树干越高,萎缩程度越低。2、转录组测序经过拼接后,共得到大小在200bp到500bp的读数有165,899个,长度在500bp到1k B的读数有43,467个,长度在1k B到2k B的读数有21203个,长度在2k B以上的读数有11,766个,共计总数有242,335个拼接读数。通过数字表达谱(DEG)分析发现,橡胶死皮病样品共有2343个差异表达基因,其中表达上调的基因有819个,表达下调的基因有1524个。3、在差异表达基因中,8个基因被注释为Cherry virus A相关基因,且这些基因在健康样品中的读数为零。这些橡胶病树可能被感染一种新的病毒。4、通过引物设计、RT-PCR扩增和RACE扩增,我们成功拼接了该病毒的全基因组序列,包含6811nt和87nt的5’UTR以及76nt的3’UTR。该基因组含有两个重叠的阅读框,分别编码甲基转移酶、RNA螺旋酶、RNA聚合酶、运动蛋白和外壳蛋白等5个蛋白。根据基因组特征和进化树分析结果,该病毒属于毛状病毒属(Capillovirus),命名为RTV1病毒(Rubber tree virus 1)。5、通过病毒纯化分离和透射电镜分析发现,RTV1病毒颗粒呈现毛线状并具有螺纹结构,病毒颗粒长度约600-800nm,与报道的毛状病毒属病毒颗粒特征相似。6、此外,本文还构建原核表达RTV1病毒外壳蛋白的表达载体,通过表达和纯化RTV1病毒外壳蛋白,注射兔子获得多克隆抗体血清,为建立酶联免疫反应检测RTV1病毒的技术体系奠定基础。
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