对来自六个不同地方的74尾贝氏高原鳅样本的线粒体细胞色素b和控制区基因序列进行分析。通过ML、NJ和Bayesian方法进行系统聚类分析，表明贝氏高原鳅这一物种可分为两个进化枝，一个是长江流域的种群(MB，WX，WS，YJ)，一个是黄河流域的种群(WH，LC)。其中长江流域的种群又可以分为金沙江流域(YJ)和长江上游(WX，MB，WS)两个亚群．这正好与各地区间的遗传距离大小相符合．NCA(nested clade analysis)也显示了相似的遗传分化结果。通过AMOMA和不配对分布分析进行的种群结构和生活史研究表明贝氏高原鳅种群之间基因交流有限，且它是一个自然的群体，以后也不会出现扩张或瓶颈效应。通过Cytochrome b进化速率为1％估算贝氏高原鳅各群体间遗传分化时间，其中长江流域群体与黄河流域群体的分化时间为16.28 Mya远早于金沙江流域和长江上游流域群体的分化时间5.01 Mya。综上表明贝氏高原鳅在黄河流域和长江流域之间的遗传分化较两大流域内部之间的遗传分化要更明显。由于贝氏高原鳅在我国现代地势三大阶梯中的分布独特性，以及它在各地区间的遗传分化，可以推测我国现行地势的形成以及长江黄河框架的形成对贝氏高原鳅各群体间的遗传差异性有重要影响。