随着我国经济进入“新常态”发展的新阶段以及目前日趋加剧的国际竞争形式,自主创新能力的提高在经济发展中的地位越来越重要,技术创新也成为企业和产业竞争力的核心,更是国家竞争力的重要体现。对当前新时代的中国而言,技术创新是企业降低生产成本、开拓新市场、增强竞争力的前提,也是推动我国从“中国制造”走向“中国创造”的重要引擎。由此可见,创新是企业提升竞争力、获得竞争优势的主要源泉和根本动力。研发投资作为一项面向未来的战略投资,是企业进行技术创新的基础,是促进企业自主创新能力提升的必要条件。因此,企业的研发资金也成为决定企业价值创造的主要因素之一。由于我国各地区之间的经济发展水平很不均衡,因此,区域间的金融发展水平、市场化程度以及法治社会的建设水平都会对企业的研发投入产生重要的影响。另外,在目前实际控制人的控制权和所有权分离普遍存在的情况下,公司的主要代理问题已不再单单是管理者和外部投资者之间的代理冲突,而是控制股东和小股东之间的代理冲突。所以在企业决定进行研发的过程中,实际控制人与其他股东的代理冲突也会影响企业的投资决策。在我国比较特殊的制度背景之下,产权性质也是影响企业进行各种决策的重要因素,不同的产权性质背景的公司存在着不同的代理成本,同样不同产权性质的的企业的控股股东也会面临着不同的控制权成本,所以,产权性质不同的企业的代理问题也会对企业的投资决策产生不一样的影响。通过对国内外有关于企业外部治理环境、终极股东两权分离度与企业研发投入的相关文献进行阅读和梳理,本文把企业的外部治理环境和终极控制人两权分离度作为影响企业研发投入的两个重要因素,借鉴以往学者们采用的方法,使用市场化综合指数对外部治理环境进行量化。我们以法与金融理论、委托代理理论和创新理论为基础,提出关于外部治理环境、两权分离度与企业研发投入关系的合理假设,并选取我国2009年~2016年全部A股上市公司为样本,参考王小鲁、樊纲等人编写的《中国分省份市场化指数报告(2018)》中所披露的市场化进程总指数以及iFind数据库和国泰安数据库中披露的相关财务数据,运用Stata14.0统计分析软件建立研究模型并且进行多元回归分析,进而得出相应的结论。本文研究主要有三个结论:(1)外部治理环境的改善能够显著促进企业的研发投入水平。(2)如果基于全部分析样本,终极控制人的两权分离度会对企业研发投入的强度产生负面影响,而且这种负面影响主要出现在非国有企业;如果分析样本限定为国有企业,则终极控制人的两权分离度会对企业研发投入产生一定的促进作用。(3)如果考察外部治理环境和两权分离度的联合影响,我们发现两权分离度会对外部治理环境在企业研发投入上的影响作用产生负向调节作用。因此,国家做好外部治理环境的改善工作,以及企业控制好终极股东的两权分离程度会对企业的研发投入水平起到很重要作用。