研究表明通过物种间远缘杂交的方法所形成的新物种是促进物种多样化的重要方式之一。据推测,自然界中有至少25%的植物和10%的动物曾发生过远缘杂交事件。远缘杂交可以使不同物种的基因组汇合在一起,导致其后代的基因型和表现型发生较大的变化。有效的远缘杂交与回交可以将某个物种的遗传物质渐渗到另一个物种中,导致新物种的形成,这些新形成的物种一旦建立遗传稳定的可育品系,将在遗传育种和生物进化方面具有重要价值。本研究以杂交镜鲤（雌性鲤鱼×雄性团头鲂形成的F1代,2n=100）为母本,以团头鲂为父本进行了回交试验,在其回交F1代中获得了新型同源二倍体类灰鲫和新型同源二倍体类红鲫,这两种类鲫外形与野生鲫极为相似,为了进一步验证其与野生鲫的进化关系,本文重点对这两种类鲫的线粒体基因组进行了测序分析,并将这两种类鲫的各结构序列与其亲本和野生鲫对应的结构部分进行了对比。主要分析内容如下:1.对原始亲本鲤鱼（COC）、团头鲂（BSB）、杂交镜鲤（GMCC）、同源二倍体类灰鲫（MCRC）、同源二倍体类红鲫（MRCC）及野生鲫鱼（CRC）线粒体基因组的结构特点进行了分析比较,包括对线粒体各基因的位置、长度,基因之间的间隔和重叠,蛋白质编码基因的起始和终止密码子等。结果表明两种类鲫和鲤鱼结构类似,而同源二倍体类红鲫和野生鲫鱼的线粒体结构相似度最高。2.通过使用各种生物信息学分析软件,对各物种线粒体基因组蛋白质编码基因进行了分析对比,包括氨基酸使用情况、相对同义密码子使用度（RSCU）等。旨在从蛋白编码基因的组成特点上初步探究类鲫和野生鲫鱼的亲缘关系。3.对各物种线粒体基因组的非编码区进行了分析和比较,利用非编码区中控制区进化速率快的特点,来推测类鲫和野生鲫鱼之间的关系。4.利用在线工具对r RNA和t RNA的二级结构进行了预测。发现各物种RNA结构基本一致,其碱基差异大多集中在二级结构的环区,茎区相对保守。5.对线粒体基因全序列及各基因片段的序列相似度进行比较,来初步确定鲤鱼、类鲫和野生鲫鱼之间的亲缘关系。6.利用线粒体蛋白质编码基因Cytb的核苷酸序列和氨基酸序列、控制区基因序列及16S r RNA基因序列构建进化树,进一步验证了上述各物种之间的系统进化关系,即同源二倍体类灰鲫和同源二倍体类红鲫与野生鲫鱼亲缘关系较近,且同源二倍体类红鲫和野生鲫鱼的亲缘关系最相近。由于类鲫的原始亲本为鲤鱼,类鲫和鲤鱼线粒体基因序列相似的同时也和野生鲫鱼有着较高的相似度,猜测鲫鱼能由鲤鱼杂交而来,且镜鲤和团头鲂杂交也是产生鲫鱼的一种可能途径。