20世纪80年代以来，世界高等教育领域掀起了一场改革的浪潮。发展至20世纪90年代，中国和日本也卷入其中。中国1998《高等教育法》的颁布和日本1997年国立大学独立行政法人化改革建议的提出，标志着两国高等教育管理体制将在变化中谋求突破。大学内部治理结构是高等学校运转的核心，其优化不仅能够应对现代大学日益复杂的组织结构，还能处理大学与社会环境变化之间的关系。同时，大学内部治理结构也是最能表现高校管理体制变化的组织结构。通过比较中日大学同一时期大学内部治理结构的变迁，可以反映中日两国在处理大学内部关系和外部关系的趋势和特征。本文先从大学内部治理结构的概念入手，在对已有文献进行综述的基础上得出了大学内部治理结构的分析框架——纵横两大关系和三大组织机构；其次从历史角度分别考察了中日两国大学管理体制的变革，得出两国大学内部治理结构的发展路径；第三，采用个案研究法分析了华中科技大学和广岛大学自20世纪90年代以来大学内部治理结构的变化，将抽象的大学内部治理结构具体到个别院校；第四，通过前文的描述和分析得出中日两国大学内部治理结构的相同点：法人地位的获得、行政权力的加强、科层制的运用和自主权的加强。不同点主要表现在管理民主、学术权力、治理结构开放程度以及变革速度上。最后，本文通过总结发现，大学内部治理结构的优化实质上就是要达到大学内部关系和外部关系各要素之间的平衡和协调。