高等教育发展不均衡是我国区域发展不平衡的重要原因。2004年,国家开始实施省部共建地方高校工作,这是巩固和深化我国高校管理体制改革,提升中西部地区高等教育整体水平,实现高等教育优质资源合理配置,促进中西部地区特别是边疆少数民族地区高等教育发展的重大举措。截止2009年底,教育部与中西部省级政府已经签署了省部共建协议的高校22所。其中,西部地区省部共建高校共10所。这10所高等学校如何在国家政策支持下取得跨越性的发展,关键取决于高校如何处理好与中央政府及地方政府的关系,因此西部地区省部共建高校与政府关系研究是一个具有重大现实意义的课题。文章在分析西部地区高等教育发展现状的基础上,从行政关系、法律关系、经济关系三个方面阐述西部地区省部共建高校与中央政府及地方政府的关系及其特殊性；针对目前西部地区省部共建高校与政府关系中存在的投入不足、资金筹措渠道单一、缺乏办学自主权和共建高校示范作用不明显、执行政策和规章制度缺失等问题；深入剖析了中央政府疏于监督、地方政府对省部共建工作重视不够、投入不足、没有赋予共建高校充分的办学自主权、缺乏对共建高校政策倾斜,共建高校自身定位模糊、特色不鲜明、等靠要思想严重、社会服务能力弱,人才培养不符合地方经济社会发展需要等制约因素。文章以治理理论为研究视角,提出了政府应转变管理方式及管理理念,由“善政”转变为“善治”；加大公共财政支持力度,改变资源配置方式,实现投资主体多元化；建立协调机制,从组织和制度上保障省部共建工作正常运行；共建高校应准确定位、突出特色、提高社会服务能力等促进西部地区省部共建高校与政府协调发展的措施。