背景和目的：甲型流感病毒先后造成了1918、1957、1968和2009年等四次全球性流感大流行，对人类的生命健康和社会生活形成了巨大的威胁。流感病毒通过跨宿主迁移和基因组重配作用等进化事件引起的抗原转换是造成流感大流行的主要原因。2009年4月，甲型H1N1流感在墨西哥和美国爆发继而形成全球大流感。这株甲型H1N1流感病毒是由长期在北美流行的三联重配体猪流感病毒和欧亚禽样猪流感病毒重配而成，它的8个线性基因组片段中，PB2、PB1、PA、HA、NP和NS等6个片段来自H1N1三联重配体猪流感病毒，NA和MP这2个片段来自H1N1欧亚禽样猪流感病毒。这次甲型H1N1全球性流感大流行提醒我们，对流感病毒基因组重配及跨宿主迁移进化机制的研究具有重要的理论和应用价值。本研究基于这一背景，从生物信息学和统计遗传学的角度来研究流感病毒基因组进化机制，对甲型流感病毒基因组重配和迁移等进化事件进行分析，从而为疾控部门监测流感病毒的进化和流行趋势提供理论和技术支持。材料与方法：从Lu等人开发的FluGenome（http://www.FluGenome.org）在线数据库下载人、猪、禽三种宿主的所有甲型流感病毒基因型（截止2010年9月10日）。根据流感病毒的基因型分布和流行病学知识构建各个宿主的流感病毒基因型谱，在此基础上提出了一种新型的基于基因型谱的病毒基因组重配和迁移事件检测方法，并在windows平台上利用C++Builder开发工具开发了甲型流感病毒进化事件检测软件IVEE2.0版（Tool for Influenza A Virus Evolutionary Events, IVEE）。根据基因型谱分析方法，我们进一步推论较为罕见的甲型流感病毒基因型的进化来源。结果：我们绘制了人、猪、禽三种宿主的甲型流感病毒基因型谱。人类甲型流感病毒有四种基本基因型，分别是H1N1[A,A,A,1B,A,1A,B,1A]，H1N1[A,A,B,1B,A,1A,B,1A]，H2N2[A,E,B,2A,A,2A,B,1A]和H3N3[A,D,B,3A,A,2A,B,1A]；猪有三种基本基因型，分别是经典猪流感病毒基因型[B,A,C,1A,A,1B,A,1A]、欧亚禽样猪流感病毒基因型[F,G,I,4,F,6,F,1E]、三联重配体猪流感病毒基因型[C,D,E,?,A,?,A,1A]；禽类主要有两种基本基因型，分别是家禽流感病毒基因型[C,F,E/H,4,H,6,E,1D/2B]和水禽流感病毒基因型[K/G,G,D/E,4,F,6,F,1E/1F/2A]。利用基因型谱分析方法，我们发现历史上和目前存在的较为罕见的病毒基因型主要是由基因型谱中的基因型跨宿主迁移和重配而来，该观点得到了许多文献报道的支持。同时我们开发完成甲型流感病毒进化事件检测软件IVEE2.0，可供学术用户免费下载使用（http://snptransformer.sourceforge.net），便于通过软件来分析和检测甲型流感病毒基因组进化事件。结论：甲型流感病毒基因型谱分析方法和甲型流感病毒进化事件检测软件IVEE2.0分别从理论上和应用上对甲型流感病毒基因组的重配和跨宿主迁移事件进行分析和监测，可以单独或协助进化分析工具进行流感病毒基因组进化趋势的研究和监测，无论在病毒基因组进化的基础研究还是疾控实践中都将具有较强的应用价值。