1937年七七事变爆发后,华北地区相继沦陷,全国的教育局面发生转变。1938年陈立夫上任教育部部长后,推行战时大专院校国立化运动,以获得对高校的掌控权,而云南大学就是在战时最早一批完成省立改国立的高校之一。由于学校经费的不足,早在1935年,省立云大校长何瑶便提出了改国立的诉求,之后1937年何瑶因为学潮而离任,新任校长熊庆来力主省立云大国立化,云南省政府主席龙云也积极向国民政府申请省立云大改制。1938年8月,省立云南大学改为国立云南大学,正式成为国立院校。借抗战高校、学生、教授西迁之东风,国立云大在战时发展迅速。校长熊庆来通过延聘教师、增设院系、严格管理学生等措施,立足云南特色,展开民族调查、矿冶实验、粮食实验等学术研究,不仅提升了国立云大的学术水平,更为抗战后方建设作出了贡献。国立云大也在这一过程中逐渐发展成一所名副其实的国立大学。而随着抗战结束,内战突起,国内学生运动风起云涌,昆明“一二一”运动及“李闻惨案”的发生,更激起了昆明学生的政治热情,掀起了战后的昆明学生运动,也使得国立云大学生与国民政府的离心力越来越强。云南大学的国立化与云南地方与中央关系、整个国家时局的变动有着密切关系。由于远离中央,在全面抗战爆发之前,云南大都处于“半独立”的地位。国民政府中央难以插足其中,双方相互提防警惕,又相互试探,以寻求二者之间的平衡。正是在这一形势下,由地方牵头向中央申请省立云大的国立化。之后由于抗战的特殊情形,在全民族抗战的大背景下,云南地方与国民政府虽有龃龉,但相处仍旧较为融洽,所以在战时云大国立化十分顺利。这相比因为国立化而使地方、中央和学校三方矛盾激化的四川大学、山西大学而言,云南大学的国立化在当时全国大专院校国立化的大潮中可以说是较和谐的音符。但是随着抗战结束,云南地方与中央在战时荣辱与共的关系衰落,加之国内政局动荡,原本顺利的国立化也因此而出现反复。